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pwscf并行计算时总是隔一段时间重新开始
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我让学校网管帮我装了并行的pwscf，我对怎么编译并行不懂，用来计算小的体系的时候运行正常，但是算大体系的时候总是运行十几分钟之后重新提交任务，也不报错，不停重复。大家知道这会是什么原因吗？谢谢了！！！下面是我提交的任务脚本： #!/bin/bash -l #PBS -N MPI #PBS -l walltime=20:00:00 #PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb module load quantum/5.0.MPT cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 48 pw.x < ZnO-k01.in > ZnO-k01.out 输出文件的开头： Program PWSCF v.5.0 starts on 10Jul2012 at 16:24:40 This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite for quantum simulation of materials; please cite "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009); URL http://www.quantum-espresso.org", in publications or presentations arising from this work. More details at http://www.quantum-espresso.org/quote.php Parallel version (MPI & OpenMP), running on 768 processor cores Number of MPI processes: 48 Threads/MPI process: 16 R & G space division: proc/pool = 48 Current dimensions of program PWSCF are: Max number of different atomic species (ntypx) = 10 Max number of k-points (npk) = 40000 Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) = 3 Waiting for input... Reading input from standard input Message from routine iosys: pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) Parallelization info -------------------- sticks: dense smooth PW G-vecs: dense smooth PW Min 869 348 87 364063 92078 11515 Max 870 349 88 364082 92147 11528 Sum 41737 16729 4177 17475363 4421473 552847 总是运行一会就重新提交任务，输出文件结尾也看不到错误。 |
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5楼2012-07-11 14:12:13
goldenfisher
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2楼2012-07-10 20:58:52
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不知道啊，管理员说是用3个node，每个node是16个cpu，120gb mem。不过我昨天修改了下输出文件，运行时间长了点，好像还是会重新提交。修改后原来输出文件里下面的错误没有了 pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' 不过还是有下面这行： Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) 您知道这是什么意思吗？我觉得这是出错信息。谢谢！ |
3楼2012-07-11 07:10:55
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4楼2012-07-11 13:40:35
