| 查看: 1780 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
pwscf并行计算时总是隔一段时间重新开始
|
||
|
我让学校网管帮我装了并行的pwscf，我对怎么编译并行不懂，用来计算小的体系的时候运行正常，但是算大体系的时候总是运行十几分钟之后重新提交任务，也不报错，不停重复。大家知道这会是什么原因吗？谢谢了！！！下面是我提交的任务脚本： #!/bin/bash -l #PBS -N MPI #PBS -l walltime=20:00:00 #PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb module load quantum/5.0.MPT cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 48 pw.x < ZnO-k01.in > ZnO-k01.out 输出文件的开头： Program PWSCF v.5.0 starts on 10Jul2012 at 16:24:40 This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite for quantum simulation of materials; please cite "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009); URL http://www.quantum-espresso.org", in publications or presentations arising from this work. More details at http://www.quantum-espresso.org/quote.php Parallel version (MPI & OpenMP), running on 768 processor cores Number of MPI processes: 48 Threads/MPI process: 16 R & G space division: proc/pool = 48 Current dimensions of program PWSCF are: Max number of different atomic species (ntypx) = 10 Max number of k-points (npk) = 40000 Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) = 3 Waiting for input... Reading input from standard input Message from routine iosys: pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) Parallelization info -------------------- sticks: dense smooth PW G-vecs: dense smooth PW Min 869 348 87 364063 92078 11515 Max 870 349 88 364082 92147 11528 Sum 41737 16729 4177 17475363 4421473 552847 总是运行一会就重新提交任务，输出文件结尾也看不到错误。 |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有41人回复
-
回收溶剂求助
已经有7人回复
-
硝基苯如何除去
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有17人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有22人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- PWscf计算激发态能量
已经有13人回复
- PWSCF计算PDOS时，选哪列数据？
已经有15人回复
- 【求助】pwscf计算中的warning要紧吗？如何消除呢？
已经有9人回复
- 【求助】pwscf结构优化结果
已经有4人回复
- 【其他】Pwscf不能并行计算
已经有4人回复
- 【原创】PWSCF中的nbnd和degauss
已经有11人回复
- 【求助】关于PWSCF介电常数和声子谱的计算
已经有7人回复
- 【求助】PWSCF计算介电极化时为何出现如下提示？
已经有19人回复
- 【求助】pwscf怎样计算介电常数和波恩有效电荷
已经有13人回复
5楼2012-07-11 14:12:13
goldenfisher
金虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 3
- 应助: 55 (初中生)
- 贵宾: 0.153
- 金币: 5779.1
- 散金: 2908
- 红花: 21
- 帖子: 1552
- 在线: 351.5小时
- 虫号: 117764
- 注册: 2005-11-26
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2012-07-10 20:58:52
|
不知道啊，管理员说是用3个node，每个node是16个cpu，120gb mem。不过我昨天修改了下输出文件，运行时间长了点，好像还是会重新提交。修改后原来输出文件里下面的错误没有了 pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' Message from routine iosys: wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic' 不过还是有下面这行： Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem: scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group: 4* 4 procs) 您知道这是什么意思吗？我觉得这是出错信息。谢谢！ |
3楼2012-07-11 07:10:55
风间的记忆
铁杆木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 77 (初中生)
- 金币: 6530.5
- 散金: 20
- 红花: 10
- 帖子: 1170
- 在线: 1897.4小时
- 虫号: 1069274
- 注册: 2010-08-04
- 性别: GG
- 专业: 计算机软件
4楼2012-07-11 13:40:35