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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] pwscf并行计算时总是隔一段时间重新开始

我让学校网管帮我装了并行的pwscf,我对怎么编译并行不懂,用来计算小的体系的时候运行正常,但是算大体系的时候总是运行十几分钟之后重新提交任务,也不报错,不停重复。大家知道这会是什么原因吗?谢谢了!!!下面是我提交的任务脚本:
#!/bin/bash -l
#PBS -N MPI
#PBS -l walltime=20:00:00
#PBS -l select=3:ncpus=16:mem=120gb
module load quantum/5.0.MPT
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec -n 48 pw.x < ZnO-k01.in > ZnO-k01.out

输出文件的开头:
     Program PWSCF v.5.0        starts on 10Jul2012 at 16:24:40

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote.php

     Parallel version (MPI & OpenMP), running on   768 processor cores
     Number of MPI processes:              48
     Threads/MPI process:                 16
     R & G space division:  proc/pool =   48

     Current dimensions of program PWSCF are:
     Max number of different atomic species (ntypx) = 10
     Max number of k-points (npk) =  40000
     Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) =  3
     Waiting for input...
     Reading input from standard input
     Message from routine iosys:
     pot_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'
     Message from routine iosys:
     wfc_extrapolation='second_order' not available, using 'atomic'

     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  4*  4 procs)


     Parallelization info
     --------------------
     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW
     Min         869     348     87               364063    92078   11515
     Max         870     349     88               364082    92147   11528
     Sum       41737   16729   4177             17475363  4421473  552847

总是运行一会就重新提交任务,输出文件结尾也看不到错误。
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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cj4566: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-07-11 14:12:37
应该与调度系统无关
而是并行编译的问题
你确定你们那网管很熟PWSCF的并行编译?
九州浩淼,任其东西,明日何在,但随我意。
4楼2012-07-11 13:40:35
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