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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

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[求助] 如何从PDB库中获得相应蛋白质大分子的结构？

求助：我是个新手。想问一下PDB库中大分子蛋白质如何查询，就是比如说CDK2，输入后会有好多的，例如：1.CDK2 in complex with inhibitor JWS648
                                       2.CDK2 in complex with inhibitor SU9516
                                          3.Apo CDK2 crystallized from Jeffamine
                                          4。CDK2 ternary complex with JWS648 and ANS
老板给我任务了的，合出了几个药理性质比较好的化合物，让我和CDK2进行对接。我一上PDB库查找CDK2的结构，有好多结构啊。我想问一下应该怎么选择的？？？？还有如果选择complex，怎么才能抠出里面的小分子？？？是不是抠出小分子的地方就可以作为活性口袋（活性位点），进行对接？？？谢谢了

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让我们high起来！

1楼 2012-07-09 17:24:13

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-09 22:04:54
zhouzhiguang: 金币+2, ★★★很有帮助, 蛮不错的 2012-07-09 22:10:40

我觉得你要做对接，就选择那些complex with xxx的晶体结构，这样的话，负责结合小分子的残基都处于较为松弛的状态，在你不考虑蛋白质柔性的情况下，对接还比较容易取的较好的结果，其次，是选择这一类型蛋白中分辨率最高的蛋白，去除小分子可以用很多软件，比如记事本，pymol,等N种软件，把对应小分子的信息删掉就行，如果你确定你的酶只有一个活性位点的话，那你抠掉的地方就可以作为对接的中心，如何对接的话则要学习使用各种对接软件，比如Autodock, Autodock Vina等N种

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2楼2012-07-09 20:16:52

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