| 查看: 1495 | 回复: 1 | ||
zhouzhiguang金虫 (小有名气)
|
[求助]
如何从PDB库中获得相应蛋白质大分子的结构？
|
|
求助：我是个新手。想问一下PDB库中大分子蛋白质如何查询，就是比如说CDK2，输入后会有好多的，例如：1.CDK2 in complex with inhibitor JWS648 2.CDK2 in complex with inhibitor SU9516 3.Apo CDK2 crystallized from Jeffamine 4。CDK2 ternary complex with JWS648 and ANS 老板给我任务了的，合出了几个药理性质比较好的化合物，让我和CDK2进行对接。我一上PDB库查找CDK2的结构，有好多结构啊。我想问一下应该怎么选择的？？？？还有如果选择complex，怎么才能抠出里面的小分子？？？是不是抠出小分子的地方就可以作为活性口袋（活性位点），进行对接？？？谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？
已经有12人回复
-
2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B?
已经有4人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有29人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有9人回复
-
是这周出结果还是下周出结果？
已经有3人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有9人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有4人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有13人回复
-
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有7人回复
-
读博的好处
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于质谱测定蛋白质分子量的图谱分析
已经有19人回复
- 求助：关于质谱与蛋白质三级结构的问题！
已经有4人回复
- 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
已经有14人回复
- 【求助】蛋白质大分子的动力学模拟
已经有3人回复
- 【讨论】HPLC能否分析大分子蛋白质，对柱子有什么要求？
已经有14人回复
- 【求助/交流】菜鸟求助，如何由蛋白质的一级结构得到三级结构？
已经有12人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-09 22:04:54
zhouzhiguang: 金币+2, ★★★很有帮助, 蛮不错的 2012-07-09 22:10:40
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-09 22:04:54
zhouzhiguang: 金币+2, ★★★很有帮助, 蛮不错的 2012-07-09 22:10:40
| 我觉得你要做对接，就选择那些complex with xxx的晶体结构，这样的话，负责结合小分子的残基都处于较为松弛的状态，在你不考虑蛋白质柔性的情况下，对接还比较容易取的较好的结果，其次，是选择这一类型蛋白中分辨率最高的蛋白，去除小分子可以用很多软件，比如记事本，pymol,等N种软件，把对应小分子的信息删掉就行，如果你确定你的酶只有一个活性位点的话，那你抠掉的地方就可以作为对接的中心，如何对接的话则要学习使用各种对接软件，比如Autodock, Autodock Vina等N种 |
2楼2012-07-09 20:16:52
