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tzaixmc

木虫 (正式写手)

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专业: 病原细菌与放线菌生物学

[求助] 细菌基因组的部分酶切

目前想要用质粒pUCM-T建一个细菌基因组的质粒文库。在用Sau3A Ⅰ部分酶切基因组时有几个问题。
1、部分酶切是指的是基因组中所有酶切位点其中一部分被切开，而不是一部分基因组DNA被切开吧？
2、如何判断基因组是部分酶切而不是完全酶切？就是说电泳时在所需要的片段位置有弥散的DNA，但是基因组DNA还是有很均一的条带。也就是一部分基因组DNA被切开，这样算是部分酶切吗？如果只有弥散的DNA但没有基因组DNA的主带，这样的情况下如何判断是部分酶切还是完全酶切？完全酶切的条带也是弥散的吧？
希望高手指点一下，谢谢!
谁能传一张部分酶切效果很好的电泳图看看，借鉴一下。送5个金币。

[ Last edited by tzaixmc on 2012-7-9 at 11:06 ]

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1楼 2012-07-09 09:37:00

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beishui

金虫 (小有名气)

应助: 15 (小学生)
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性别: GG
专业: 生物物理、生物化学与分子

【答案】应助回帖

Sau3A Ⅰ这个酶酶切的速率还是很快的，我一般做10ul的话就直接切3min左右就可以了，一般是可以看到几条主带的，你可以根据自己的基因组的情况做一下时间梯度，我觉得你做基因组文库的话，为什么不用cosmid或是fosmid的试剂盒呢，这个的话基因的片段在30-50kb的时候都是可以直接连接在载体上的。一般的DNA提取的结果差不多都是在这个片段的哦，除非你用的方法或是盒子非常好才可以得到100kb左右的片段。