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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber如何分析疏水作用？
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ValYu

银虫 (小有名气)

[交流] Amber如何分析疏水作用？

Amber缺乏定义平面的能力，因此想通过测定两共轭面夹角跟踪π-π堆积作用似乎变得很困难，有没有什么替代的办法呢？
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1楼 2012-06-21 20:44:35
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-06-22 12:16:24
我想问一个问题：什么是疏水作用？

两个疏水基团会靠的比较近呗，如果是芳环之间可能有π-π堆积作用，主要的推动力还是外面的水能够多形成一些氢键吧
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4楼2012-06-23 23:30:38
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匿名

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3楼2012-06-22 12:16:24
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匿名

用户注销 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-24 15:13:39
ValYu: 金币+2, 感谢参与！ 2012-06-25 00:51:55
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5楼2012-06-24 13:38:32
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-06-24 13:38:32
你的回答太浅显了，如果你感兴趣，这个问题可以深究下去。疏水作用是什么？这是个业内还没有完全回答的问题。大家都说是疏水的两个东西会靠近，但是没人很好地从本质上解决它。...

疏水作用还这么复杂啊，不就是一个焓有利熵不利因而是一个焓驱动的过程吗……我还听说过有人用渗透压来解释的。不过我也不是研究理论的，我本来的意思还是研究两个芳环之间的疏水作用，应当考虑两个环的二面角，而amber似乎没有这样的分析工具
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6楼2012-06-25 00:56:32
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