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lorna639木虫 (著名写手)
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[交流]
AC模块中的calculation和construction建立的无定形模型的区别 已有2人参与
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| 请大家讨论一下AC模块中的calculation和construction建立的无定形模型的区别，我发现使用calculation和construction都可以建立无定形模型，但是不知道区别在哪里？另外无定形模型的初始密度应该在哪里设定啊？因为模块中有ramp density from...? |
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2楼2012-06-20 15:00:55
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
WDD880227: 金币+1, 多谢您的耐心指导 2012-06-20 18:26:59
御剑江湖: 金币+1, 谢谢 2012-06-20 21:15:29
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WDD880227: 金币+1, 多谢您的耐心指导 2012-06-20 18:26:59
御剑江湖: 金币+1, 谢谢 2012-06-20 21:15:29
| 本质上二者不大，construction可指定建立的盒子中的分子数，尤其是在建含溶剂分子的BOX时，可随意指定溶剂分子数，方便，缺点是盒子体积不好控制，若密度设定不太好（或不知道），最好先做个NPT下的动力学，得到正确体积后再做其他系统的动力学运行。calculation中的packing可实现分子在盒子内的自动填充，由于盒子是提前建好的，所以大小可控。其他基本没有什么不同。 |
3楼2012-06-20 17:06:34