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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求，vmd取残基命令！
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] 急求，vmd取残基命令！

各位大侠，我跑出了一个PA分子层层吸附碳纳米管的结构，想用VMD取出以碳管为中心每隔4A的一层分子的残基。但是不知道怎么取，我只能先用(resname PA) and (within 4 of resname CNT)取出4A内的PA分子。然后取出8A的，然后把8A剔除4A内的残基，才能取出第二层的分子。请教各位大神，有什么命令可以实现取出（4-8A）这种范围的残基啊。。。。。我总共要分10层，一共1800个残基，实在是太麻烦了，请高手相助！！！感激不尽（下面是我的初始结构）
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  • 附件 1 : 10ns.pdb
    • 2012-06-18 09:47:11, 2.74 M

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1楼 2012-06-18 09:47:20
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-07-18 21:35:18
zhongyunxia: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢，其实我做的是把每层的pdb的原子写成索引文件 2012-07-19 09:32:36
不知道你是要取PDB文件还是什么意思，不过用VMD 做个循环，写个.tcl的小脚本就可以。
如果是取PDB的话，这样一个循环就应该可以

for {set i 1 } {$i < 11 } { incr i } {
    set a 4
    set 11 [atomselect top "resname PA and within $a*$i of resname CNT"]
    set 22 [atomselect top "resname PA and within $a*($i-1) of resname CNT"]
    set 33 [atomselect top "$22 not $11"]
    $33 writepdb $a*$i.pdb

你测试一下吧
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2楼2012-07-18 21:10:41
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-07-18 21:10:41
不知道你是要取PDB文件还是什么意思，不过用VMD 做个循环，写个.tcl的小脚本就可以。
如果是取PDB的话，这样一个循环就应该可以

for {set i 1 } {$i < 11 } { incr i } {
    set a 4
    set 11
    se ...

测试了好像不行，报错说是有多余的字符什么的，对语言不是很懂
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3楼2013-01-24 16:30:58
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