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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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[求助]
急求，vmd取残基命令！
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| 各位大侠，我跑出了一个PA分子层层吸附碳纳米管的结构，想用VMD取出以碳管为中心每隔4A的一层分子的残基。但是不知道怎么取，我只能先用(resname PA) and (within 4 of resname CNT)取出4A内的PA分子。然后取出8A的，然后把8A剔除4A内的残基，才能取出第二层的分子。请教各位大神，有什么命令可以实现取出（4-8A）这种范围的残基啊。。。。。我总共要分10层，一共1800个残基，实在是太麻烦了，请高手相助！！！感激不尽（下面是我的初始结构） |
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2012-06-18 09:47:11, 2.74 M
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【答案】应助回帖
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jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-07-18 21:35:18
zhongyunxia: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢，其实我做的是把每层的pdb的原子写成索引文件 2012-07-19 09:32:36
jiaoyixiong: 金币+5, 鼓励交流 2012-07-18 21:35:18
zhongyunxia: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢，其实我做的是把每层的pdb的原子写成索引文件 2012-07-19 09:32:36
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不知道你是要取PDB文件还是什么意思，不过用VMD 做个循环，写个.tcl的小脚本就可以。 如果是取PDB的话，这样一个循环就应该可以 for {set i 1 } {$i < 11 } { incr i } { set a 4 set 11 [atomselect top "resname PA and within $a*$i of resname CNT"] set 22 [atomselect top "resname PA and within $a*($i-1) of resname CNT"] set 33 [atomselect top "$22 not $11"] $33 writepdb $a*$i.pdb 你测试一下吧 |
2楼2012-07-18 21:10:41
zhongyunxia
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