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dgcrcat

金虫 (小有名气)

[求助] Discover中Ewald summation和Dynamics times设定的问题

在Discover的设定中可以同时设定vdW & Coulomb的summation method 为 Ewald,但是审稿人提出了疑问:How could one use Ewald summation to deal with van der Waals interaction?
这个该怎么回答?

另外由200个小分子组成的体系,设定Dynamics times为2 ns是否足够,该如何证明?
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-13 14:26:50
dgcrcat: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-13 15:02:17
Ewald sum是用来求静电力的,不能求范德华力

分子模拟是统计平均,只要最后的结果符合预期设想就行,如果感觉不平衡,还可以接着再跑
壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-06-13 13:36:49
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dgcrcat

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-13 13:36:49
Ewald sum是用来求静电力的,不能求范德华力

分子模拟是统计平均,只要最后的结果符合预期设想就行,如果感觉不平衡,还可以接着再跑

谢谢!
但是在MS的Discover模块和Forcite模块中vdW的summation method都可以设定为Ewald;且附件中的这篇文献第3页有一句描述。

分子模拟最后的结果已经符合预期的设想,但是审稿人觉得必须要增加时间,也不知道该加到多少才符合


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  • 附件 1 : Polymer-Clay Nanocomposites A Multiscale Molecular Modeling Approach.pdf
  • 2012-06-13 15:10:18, 667.94 K
3楼2012-06-13 15:11:14
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-06-13 15:50:00
dgcrcat: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-13 15:53:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by dgcrcat at 2012-06-13 15:11:14
谢谢!
但是在MS的Discover模块和Forcite模块中vdW的summation method都可以设定为Ewald;且附件中的这篇文献第3页有一句描述。

分子模拟最后的结果已经符合预期的设想,但是审稿人觉得必须要增加时间,也不知 ...

根据原理来讲,范德华力确实是不需要用ewald求和算的,因为它是短程力,衰减很快。只有静电力才需要,因为长程,而且所有的原子之间都有相互作用

你做一个增加时间的给审稿人看看,不用所有的都做。或者你差一个文献,和你的时间差不多的
壁立万仞,无欲则刚
4楼2012-06-13 15:45:10
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dgcrcat

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-13 15:45:10
根据原理来讲,范德华力确实是不需要用ewald求和算的,因为它是短程力,衰减很快。只有静电力才需要,因为长程,而且所有的原子之间都有相互作用

你做一个增加时间的给审稿人看看,不用所有的都做。或者你差一个 ...

非常感谢!
还有一个问题,气体在某种溶剂中的溶解度该怎么计算?文献中用COSMOtherm预测henry law's constant,溶解焓等,没有COSMOtherm该怎么办,有没有其他软件可以计算得到?
不知可不可以用MS的sorption来计算?
5楼2012-06-13 15:59:19
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chaizhm

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by dgcrcat at 2012-06-13 15:59:19
非常感谢!
还有一个问题,气体在某种溶剂中的溶解度该怎么计算?文献中用COSMOtherm预测henry law's constant,溶解焓等,没有COSMOtherm该怎么办,有没有其他软件可以计算得到?
不知可不可以用MS的sorption来 ...

这个我还真不知道
壁立万仞,无欲则刚
6楼2012-06-14 08:59:39
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