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Nibelungen新虫 (初入文坛)
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用GAMESS进行QM/MM运算时报错
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我在用GAMESS和TINKER结合的方式来进行QM/MM计算。TINKER已经在GAMESS中编译好了，但是算文档中给出的第一个进行IMOMM计算的例子时却出现如下错误： DLC=.TRUE. AND AUTO=.TRUE. ARE NOT COMPATIBLE WITH LINEAR MOLECULES. PLEASE USE LINEAR BEND COORDINATES IN $ZMAT. 输入文件如下： $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=optimize COORD=TINKER NZVAR=33 $END $BASIS GBASIS=sto NGAUSS=3 $END $ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. $END $TINXYZ 13 Cyclopentene, Maseras and Morokuma J. Comp. Chem. 1995, 16, 1170 1 C -0.809200 -1.126700 -0.107500 2 2 3 11 2 C -1.400300 0.245100 -0.087400 1 1 4 5 6 3 H -1.420900 -2.040000 -0.149000 5 1 4 C -0.180000 1.163900 -0.012100 1 2 7 8 9 5 H -2.049300 0.379500 0.806900 5 2 6 H -1.974700 0.435900 -1.021500 5 2 7 H -0.214800 1.764100 0.924700 5 4 8 H -0.164900 1.842400 -0.894100 5 4 9 C 1.068700 0.280400 -0.018000 1 4 10 11 12 10 H 1.688800 0.488300 -0.918500 5 9 11 C 0.519000 -1.107700 -0.070000 2 1 9 13 12 H 1.662100 0.432500 0.911300 5 9 13 H 1.157900 -2.003100 -0.076500 5 11 $END $LINK IMOMM=.T. IQMATM(1)=1,11,3,13 $END $TINKEY parameters ~/gamess/tinker/params/mm2 $END 另外，这个分子分明是个环形的，为何错误提示上却说是linear molecule呢？ |
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