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lilylove170

新虫 (小有名气)

[求助] SDS高盐法提取土壤微生物——求教各位批评指正

备注:
该方法是参照一个河南师范大学的硕士论文进行的
疑问:
实验进行至步骤 ④后,离心完了,上层出现一层白色的药片状层面
实验进行至步骤 ⑤后,上层为氯仿,下层为牛奶状的乳状溶液,并没有得到上清
这是什么原因呢,苦苦跪求,谢谢!

具体方法为——参照周集中的SDS裂解法[179],并作改良。具体如下:
① 取适量活性污泥样品于1.5 ml灭菌离心管中,12000 rpm离心10 min,弃上清,
得样品湿重50~100 mg;
② 用1.5 ml磷酸缓冲液(0.1M,pH 8.0)洗涤样品2~3次;
③ 弃上清,加入约800μl DNA提取液重悬,并加入约90μl 20%SDS水溶液,混
匀,65℃水浴2 h,每隔15~20 min上下颠倒几次;
④ 室温6000 rpm离心10 min,弃上清(应该是取上清吧);
⑤ 加入等体积PCI溶液(酚:氯仿:异戊醇=25:24:1),混匀,静置3~5min,于
室温6000 rpm离心10 min,弃上清(也应该是取上清吧),重复2~3次直到蛋白质层消失为止;
⑥ 加入0.6倍体积的异丙醇,混匀,4℃过夜(3个小时以上也可以);
⑦ 在4℃条件下,12000 rpm离心15~30 min,回收DNA;
⑧ 弃上清,加入70%乙醇洗涤,4℃、12000 rpm离心3~5 min,弃上清,风干DNA,
无酒精味为止;
⑨ 用TE缓冲液约50μl溶解DNA,-20℃保存;
⑩ 用1%琼脂糖凝胶电泳检查DNA片段。

左侧为步骤 ⑤后情况,右侧为左侧去上层,加苯酚离心后状况,下层变澄清~~~

[ Last edited by lilylove170 on 2012-6-11 at 17:32 ]
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lilylove170

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 547star at 2012-06-12 09:26:09
一般是盐浓度过高的情况下,变成水层在下面,有机层在上面,检查一下DNA提取液有没有配错,另外,如果是样品含盐高的原因,建议减少样品的量或者加大提取体积....

DNA提取液:100 mM Tris-HCl(pH 8.0),100 mM Phosphate buffer(pH 8.0),100mM Sodium EDTA(pH 8.0),1.5 M NaCl,2%CTAB。121℃灭菌20 min,室温保存。

麻烦您帮看看这个配方可以吗,这是原始配方,是不是NaCl的浓度太高了啊?
7楼2012-06-14 19:13:54
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l68266152

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
取上清,提高转速,12000rpm以上。另外,像是有腐殖酸之类的东西,应该使用相应的试剂去除腐殖酸。没有可以使用的试剂盒么?
相信自己
2楼2012-06-11 18:48:18
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lilylove170

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-11 18:48:18
取上清,提高转速,12000rpm以上。另外,像是有腐殖酸之类的东西,应该使用相应的试剂去除腐殖酸。没有可以使用的试剂盒么?

您看看我的拍的照片哈,根本就没有上清,下层是水相,上层是苯酚,这是怎么回事哈,那个方法本身没有问题吧,呵呵,谢谢啦!
3楼2012-06-11 19:09:26
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lilylove170

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by l68266152 at 2012-06-11 18:48:18
取上清,提高转速,12000rpm以上。另外,像是有腐殖酸之类的东西,应该使用相应的试剂去除腐殖酸。没有可以使用的试剂盒么?

另外,我这个是个混合菌群来自土壤的,已经被转接几次了,所以,不担心有腐殖质等物质~~~试剂盒买不起,另外,很多评价说,试剂盒效果不如手提,我的是真菌与细菌的混合体,里面有霉菌,也有酵母,枯草之类的杆菌等
4楼2012-06-11 19:11:00
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