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yaoruxin

金虫 (著名写手)

[求助] A类错误如何处理？

急求A类错误处理？
Alert level A

PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1W    ..  O2W     ..       2.52 Ang.
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1楼 2012-06-09 22:07:00
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-06-10 08:09:51
yaoruxin: 金币+1, ganxie 2012-08-05 08:43:29
应该是氢原子没有加上吧 试试加氢
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2楼2012-06-09 23:36:17
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dxbddpc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 恩，有道理，希望对楼主有帮助 2012-06-15 08:40:34
据说是因为对称操作引起的，就是不知道你的是什么阴离子，我也遇见过这个问题，你拆分或者限定一下距离试试！
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3楼2012-06-10 17:44:08
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yaoruxin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dxbddpc at 2012-06-10 17:44:08
据说是因为对称操作引起的，就是不知道你的是什么阴离子，我也遇见过这个问题，你拆分或者限定一下距离试试！

我的是两个端基配位的水分子，可能是水分子需要限定一下距离。我不会分子限定，能否教我怎么限定水分子？在SHELIX中进行吗?需要什么输命令，怎么做？盼回复，谢谢。
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4楼2012-06-15 07:15:30
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yaoruxin

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huahua1216 at 2012-06-09 23:36:17
应该是氢原子没有加上吧 试试加氢

我水上加氢后，又出现类似的错误：
Alert level A PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H1WB   ..  H4WB    ..       0.98 Ang.
不知该怎样解决？请帮忙。
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5楼2012-06-15 07:17:53
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84: 金币+1 2012-06-15 11:09:42
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaoruxin at 2012-06-15 07:17:53
我水上加氢后，又出现类似的错误：
Alert level A PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H1WB   ..  H4WB    ..       0.98 Ang.
不知该怎样解决？请帮忙。...

在傅里叶图中看看是不是有更好的氢的位置
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6楼2012-06-15 08:20:21
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njscd

捐助贵宾 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-06-15 08:41:10
如果能在傅立叶图上找到H原子当然就很方便，但很多时候并不容易，所以在综合考虑（被加氢）原子周围的整体环境的基础上，确定氢键给体与受体，在给体受体连线的方向上理论加氢应该是比较通行的一个方法（在XP里操作）。理论加氢后，将对氢原子的强制改为限制，这样就最好了。
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7楼2012-06-15 08:34:22
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dxbddpc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaoruxin at 2012-06-15 07:15:30
我的是两个端基配位的水分子，可能是水分子需要限定一下距离。我不会分子限定，能否教我怎么限定水分子？在SHELIX中进行吗?需要什么输命令，怎么做？盼回复，谢谢。...

用DFIX命令限定距离！
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8楼2012-06-18 09:29:23
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