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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 分子动力学计算
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shui449

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学计算

想向大家请教一下，做分子动力学计算后，能量模拟随时间的变化曲线是怎么得到的？
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1楼 2012-06-06 15:29:19
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢指教 2012-06-08 16:44:27
引用回帖:
10楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-07 16:30:42
谢谢，我看了一下，用那个grep命令好像可以，但是能不能请教一下具体怎么操作，好像还有下个什么软件。...

这是linux常用命令吧，我相信你跑分子动力学应该是在大型服务器上跑，连接服务器肯定是通过shell窗口吧，直接在out文件所在目录，例如你想搜索有energy关键词的行，写到一个dat文件里，你可以写：grep 'energy' system.out >energy.dat 就可以了，这里的system是你的文件名称，它会搜索将包含这个关键词的整行写到dat文件，再用超级编辑器处理下就可以了
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11楼2012-06-08 13:07:55
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
迅速收敛至一个稳定值
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2楼2012-06-06 16:37:15
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shui449

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-06-06 16:37:15
迅速收敛至一个稳定值

不明白你的意思
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3楼2012-06-06 17:06:05
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
xueht987: , 谢谢回帖！ 2012-06-07 12:50:48
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-07 16:54:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by shui449 at 2012-06-06 17:06:05
不明白你的意思...

如果你的计算参数设置合理的话，会收敛到一个固定的能量值
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
4楼2012-06-06 18:19:52
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