24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 471  |  回复: 2

Siriusgoul

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 关于节点上运行的报错求解

用G09优化一个带-1电荷的小发色团,报错如下:
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000002701, rsp 00007fffffffad98, rbp 00007fffffffb370
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000002701, r8  00002aaaaaae4b90
   r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffffffb3b8
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available

输入文件的部分设置如下:
Keywords:      #opt ucam-b3lyp/6-311+g(d,p)/fit geom=connectivity
Charge/Mult: -1 2

脚本如下:
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q normal
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

# Source the Gaussian 09 Env
export g09root=/apps/chem/Gaussian/G09_B01
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
mkdir -p /data/tmp/$USER/$PBS_JOBID
export GAUSS_SCRDIR=/data/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Run G09 Job
g09 test.com

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

# Delete the tmp File
rm -rf /data/tmp/$USER/$PBS_JOBID

求各路好手看看有没有什么不妥的地方,谢谢……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rebeccamee

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-01 19:35:45
Siriusgoul: 金币+1, 有帮助 2012-07-10 17:41:01
貌似这个结点上还有其它作业正在运行,两个任务冲突了。
2楼2012-06-01 19:18:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rebeccamee

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by rebeccamee at 2012-06-01 19:18:34
貌似这个结点上还有其它作业正在运行,两个任务冲突了。

昨天新装机也出现了这个情况,网上搜一下,是g09文件夹权限的问题。用chmod -R 770 g09 修改一个权限问题就解决了。
3楼2012-06-05 11:44:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Siriusgoul 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 26申博 +4 加油冲啊! 2026-03-26 4/200 2026-03-31 22:42 by greychen00
[考研] 070300化学354求调剂 +15 101次希望 2026-03-28 15/750 2026-03-31 17:58 by jp9609
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 263求调剂 +3 DDDDuu 2026-03-27 3/150 2026-03-31 16:21 by 土木硕士招生
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +4 Yam. 2026-03-30 5/250 2026-03-31 14:41 by 王亮_大连医科大
[考研] 本科211安全工程,初试290分,求调剂 +3 2719846834 2026-03-28 3/150 2026-03-31 13:52 by 热情沙漠
[考研] 272求调剂,接受跨专业调剂! +3 闲鱼卢 2026-03-31 3/150 2026-03-31 13:00 by 替代品000
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 323分 食品与营养调剂 +3 嘿ooo 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:38 by longlotian
[考研] 332求调剂 +14 032500 2026-03-25 14/700 2026-03-30 20:03 by 无际的草原
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +13 丹青奶盖 2026-03-26 15/750 2026-03-30 12:35 by fangnagu
[考研] 求调剂,一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 085600,材料与化工321分求调剂 +10 大馋小子 2026-03-28 10/500 2026-03-29 23:35 by 飞行日记西
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 339求调剂,想调回江苏 +6 烤麦芽 2026-03-27 8/400 2026-03-28 10:40 by 烤麦芽
[考研] 0703化学338求调剂! +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
信息提示
请填处理意见