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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 关于节点上运行的报错求解
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Siriusgoul

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于节点上运行的报错求解

用G09优化一个带-1电荷的小发色团，报错如下：
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000002701, rsp 00007fffffffad98, rbp 00007fffffffb370
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000002701, r8  00002aaaaaae4b90
   r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffffffb3b8
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available

输入文件的部分设置如下：
Keywords:      #opt ucam-b3lyp/6-311+g(d,p)/fit geom=connectivity
Charge/Mult: -1 2

脚本如下：
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -q normal
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

# Source the Gaussian 09 Env
export g09root=/apps/chem/Gaussian/G09_B01
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
mkdir -p /data/tmp/$USER/$PBS_JOBID
export GAUSS_SCRDIR=/data/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Run G09 Job
g09 test.com

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

# Delete the tmp File
rm -rf /data/tmp/$USER/$PBS_JOBID

求各路好手看看有没有什么不妥的地方，谢谢……
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1楼 2012-06-01 10:52:43
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rebeccamee

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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gmy1990: 金币+1 2012-06-01 19:35:45
Siriusgoul: 金币+1, ★有帮助 2012-07-10 17:41:01
貌似这个结点上还有其它作业正在运行，两个任务冲突了。
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 19:18:34
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rebeccamee

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by rebeccamee at 2012-06-01 19:18:34
貌似这个结点上还有其它作业正在运行，两个任务冲突了。

昨天新装机也出现了这个情况，网上搜一下，是g09文件夹权限的问题。用chmod -R 770 g09 修改一个权限问题就解决了。
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3楼2012-06-05 11:44:29
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