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考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] GMX问题

做模拟时，在电荷平衡步骤中出现了错误，如下图，希望高手解释一下，谢谢啦~
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1楼 2012-05-31 10:17:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-06-01 09:24:28
是同源建模出来的呢...

那我觉得结构有问题的可能性比较大~用啥同源模建的？看看有木有残基缺失什么的~
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10楼2012-06-01 10:23:27
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-31 15:12:58
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-31 13:33:13
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-31 13:33:13
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡

下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-31 17:41:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-31 20:33:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-05-31 17:41:35
下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢...

Whatever force field you're trying to use does not have a dihedral term for that
type of dihedral. Either obtain suitable parameters from the literature,
parameterize it yourself, or use a different force field that can accommodate
this term
有人遇到这样的问题，是说你这里面有的二面角类型识别不出来，或者自己拟合参数，或者换力场~
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4楼2012-05-31 19:19:26
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