应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GMX问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2005  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] GMX问题

做模拟时，在电荷平衡步骤中出现了错误，如下图，希望高手解释一下，谢谢啦~
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-05-31 10:17:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-31 20:33:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-05-31 17:41:35
下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢...

Whatever force field you're trying to use does not have a dihedral term for that
type of dihedral. Either obtain suitable parameters from the literature,
parameterize it yourself, or use a different force field that can accommodate
this term
有人遇到这样的问题，是说你这里面有的二面角类型识别不出来，或者自己拟合参数，或者换力场~
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-31 19:19:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-31 15:12:58
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-31 13:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-31 13:33:13
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡

下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-31 17:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-31 19:19:26
Whatever force field you're trying to use does not have a dihedral term for that
type of dihedral. Either obtain suitable parameters from the literature,
parameterize it yourself, or use a diffe ...

谢谢啊，对于拟合参数我想这个对我来说有点难度，想问下你在做一些蛋白模拟时一般选用什么样的力场，相信立场的选择应该也是需要理性对待的吧。
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-31 20:04:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学 +9 妮妮ninicgb 2026-04-04 9/450 2026-04-04 20:59 by dongzh2009
[考研] 324求调剂 +14 想上学求调 2026-04-02 15/750 2026-04-04 20:31 by 无际的草原
[考研] 342求调剂 +3 Liang7111 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:47 by dongzh2009
[考研] 求调剂 +3 ffyyu 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:03 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京化工085600 310分求调剂 +8 0856材料与化工3 2026-04-04 10/500 2026-04-04 17:39 by oooqiao
[考研] 348分环境工程·调剂 +10 吴彦祖24k 2026-04-03 11/550 2026-04-04 14:19 by 无际的草原
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 085600材料与化工调剂 +26 kikiki7 2026-03-30 27/1350 2026-04-04 09:18 by qlm5820
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 350一志愿北京航空航天大学08500材料科学与工程求调剂 +5 kjnasfss 2026-04-03 5/250 2026-04-03 22:29 by 无际的草原
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 考研调剂 +5 小sun要好运 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:43 by 啵啵啵0119
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 285求调剂 +14 AZMK 2026-04-02 14/700 2026-04-02 15:54 by 上九天揽月（好�
[考研] 284求调剂 +12 小熊～～ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 3/150 2026-04-01 17:06 by zhouyuwinner
[考研] 358求调剂 +3 王向阳花 2026-03-31 3/150 2026-04-01 09:56 by zzchen2000
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:04 by cal0306
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭