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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » GMX问题
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考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] GMX问题

做模拟时，在电荷平衡步骤中出现了错误，如下图，希望高手解释一下，谢谢啦~
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1楼 2012-05-31 10:17:56
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-31 15:12:58
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡
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2楼2012-05-31 13:33:13
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-31 13:33:13
错误提示很明确啊：

NO default proper Dih. types
你要检查一下你的top文件中，有没有这种类型设置？



另外提示你的系统中含有 -22e的电荷

需要加正离子来平衡

下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢
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3楼2012-05-31 17:41:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-31 20:33:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-05-31 17:41:35
下面即将做电荷平衡所以在这步中出现-22电荷是没问题的，我主要是不大明白，top文件关于这个的设置，该怎么去调整呢？谢谢...

Whatever force field you're trying to use does not have a dihedral term for that
type of dihedral. Either obtain suitable parameters from the literature,
parameterize it yourself, or use a different force field that can accommodate
this term
有人遇到这样的问题，是说你这里面有的二面角类型识别不出来，或者自己拟合参数，或者换力场~
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4楼2012-05-31 19:19:26
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-31 19:19:26
Whatever force field you're trying to use does not have a dihedral term for that
type of dihedral. Either obtain suitable parameters from the literature,
parameterize it yourself, or use a diffe ...

谢谢啊，对于拟合参数我想这个对我来说有点难度，想问下你在做一些蛋白模拟时一般选用什么样的力场，相信立场的选择应该也是需要理性对待的吧。
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5楼2012-05-31 20:04:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-31 20:33:10
引用回帖:
5楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-05-31 20:04:45
谢谢啊，对于拟合参数我想这个对我来说有点难度，想问下你在做一些蛋白模拟时一般选用什么样的力场，相信立场的选择应该也是需要理性对待的吧。...

你的蛋白是和小分子一起跑的吗？如果有小分子的话，一般GMX使用PRODRG服务器派生小分子力场的
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6楼2012-05-31 20:26:06
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-31 20:26:06
你的蛋白是和小分子一起跑的吗？如果有小分子的话，一般GMX使用PRODRG服务器派生小分子力场的...

没有，只是跑蛋白，以前跑其他蛋白时都没出现这种状况，所以不知道出现这种错误是什么情况。我用的是gromos96 43a1力场的。
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7楼2012-05-31 22:21:54
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:25:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-05-31 22:21:54
没有，只是跑蛋白，以前跑其他蛋白时都没出现这种状况，所以不知道出现这种错误是什么情况。我用的是gromos96 43a1力场的。...

那有两种可能我觉得：第一个是这个蛋白质中是不是有杂原子没删掉？第二个是蛋白质的结构有问题~是晶体结构还是同源模建出来的？
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8楼2012-06-01 08:12:13
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-06-01 08:12:13
那有两种可能我觉得：第一个是这个蛋白质中是不是有杂原子没删掉？第二个是蛋白质的结构有问题~是晶体结构还是同源模建出来的？...

是同源建模出来的呢
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9楼2012-06-01 09:24:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 考研生涯 at 2012-06-01 09:24:28
是同源建模出来的呢...

那我觉得结构有问题的可能性比较大~用啥同源模建的？看看有木有残基缺失什么的~
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10楼2012-06-01 10:23:27
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