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考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] DS同源建模

用DS做点突变后，准备跑动力学，想问下还要不要优化模型？如果需要的的话，怎么去做呢？本人是初学者，希望能说清楚下，感激不尽啦~~~模板用的是晶体结构。
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1楼 2012-05-30 19:55:17
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-04 00:11:43
其实真不用，MD过程就是一个优化的过程了。
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4楼2012-06-03 13:20:58
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-01 16:15:36
考研生涯: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-01 21:23:48
如果之前的模型已经结构很稳定，经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大，不做优化问题也不大，如果想要优化的话，可以先来个sidechain refinement，接着分步做EM，最后做MD跑到平衡。
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2楼2012-06-01 14:16:00
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-01 14:16:00
如果之前的模型已经结构很稳定，经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大，不做优化问题也不大，如果想要优化的话，可以先来个sidechain refinement，接着分步做EM，最后做MD跑到平衡。

谢谢哦
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3楼2012-06-01 21:23:36
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考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-03 13:20:58
其实真不用，MD过程就是一个优化的过程了。

其实我没有优化就直接跑MD了，也是可以的，就是有点担心这样会不会有影响，毕竟是新手嘛，谢谢啦
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5楼2012-06-03 21:48:27
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