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考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] DS同源建模

用DS做点突变后,准备跑动力学,想问下还要不要优化模型?如果需要的的话,怎么去做呢?本人是初学者,希望能说清楚下,感激不尽啦~~~模板用的是晶体结构。
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考研生涯

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-01 14:16:00
如果之前的模型已经结构很稳定,经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大,不做优化问题也不大,如果想要优化的话,可以先来个sidechain refinement,接着分步做EM,最后做MD跑到平衡。

谢谢哦
3楼2012-06-01 21:23:36
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-01 16:15:36
考研生涯: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-01 21:23:48
如果之前的模型已经结构很稳定,经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大,不做优化问题也不大,如果想要优化的话,可以先来个sidechain refinement,接着分步做EM,最后做MD跑到平衡。
2楼2012-06-01 14:16:00
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-04 00:11:43
其实真不用,MD过程就是一个优化的过程了。
4楼2012-06-03 13:20:58
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考研生涯

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-03 13:20:58
其实真不用,MD过程就是一个优化的过程了。

其实我没有优化就直接跑MD了,也是可以的,就是有点担心这样会不会有影响,毕竟是新手嘛,谢谢啦
5楼2012-06-03 21:48:27
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