应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS同源建模
51/1返回列表
查看: 1274  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)

[求助] DS同源建模

用DS做点突变后，准备跑动力学，想问下还要不要优化模型？如果需要的的话，怎么去做呢？本人是初学者，希望能说清楚下，感激不尽啦~~~模板用的是晶体结构。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-05-30 19:55:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-06-01 14:16:00
如果之前的模型已经结构很稳定，经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大，不做优化问题也不大，如果想要优化的话，可以先来个sidechain refinement，接着分步做EM，最后做MD跑到平衡。

谢谢哦
回复此楼
3楼2012-06-01 21:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-01 16:15:36
考研生涯: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-01 21:23:48
如果之前的模型已经结构很稳定，经过优化的话只做个别点突变的模型与之前模型差别应该不会很大，不做优化问题也不大，如果想要优化的话，可以先来个sidechain refinement，接着分步做EM，最后做MD跑到平衡。
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 14:16:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-04 00:11:43
其实真不用，MD过程就是一个优化的过程了。
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-03 13:20:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-06-03 13:20:58
其实真不用，MD过程就是一个优化的过程了。

其实我没有优化就直接跑MD了，也是可以的，就是有点担心这样会不会有影响，毕竟是新手嘛，谢谢啦
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-03 21:48:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 293求调剂 +7 zjl的号 2026-03-16 12/600 2026-03-17 18:22 by 重科小霸王
[考研] 302求调剂 +9 负心者当诛 2026-03-11 9/450 2026-03-17 17:13 by ruiyingmiao
[考研] 化学工程321分求调剂 +11 大米饭！ 2026-03-15 14/700 2026-03-17 17:11 by ruiyingmiao
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 3/150 2026-03-17 15:24 by 哦哦123
[考研] 290求调剂 +6 孔志浩 2026-03-12 11/550 2026-03-17 14:41 by 周舟舟77
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭