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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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929272582

铁虫 (初入文坛)

[求助] zn离子在amber中处理显示为四面体结构

zn离子在amber中处理后,还未加水之前,保存成.prmtop 和.inpcrd文件,再在vmd中打开.prmtop 和.inpcrd文件后,zn离子显示为四面体结构,很奇怪的结构,这是怎么回事?希望得到高手指点,谢谢

图中两个绿色多面体结构为zn离子



[ Last edited by 929272582 on 2012-5-29 at 14:26 ]
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
929272582: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-30 10:35:14
这个是正确的显示,zn离子可以和有机化合物或周围的氨基酸残基形成4配位结构。
2楼2012-05-30 09:58:47
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929272582

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-05-30 09:58:47
这个是正确的显示,zn离子可以和有机化合物或周围的氨基酸残基形成4配位结构。

谢谢
3楼2012-05-30 10:37:31
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liuwei4410

金虫 (正式写手)

我想请教一下楼主,是怎么让amber可以识别zn离子的?谢谢了啊!
一切都是浮云,开心最重要!
4楼2012-05-30 18:54:24
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929272582

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuwei4410 at 2012-05-30 18:54:24
我想请教一下楼主,是怎么让amber可以识别zn离子的?谢谢了啊!

amber官网有哦,你可以看看
5楼2012-06-03 08:56:55
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jennie宁

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 929272582 at 2012-06-03 08:56:55
amber官网有哦,你可以看看...

不好意思,我想请问一下,楼主,官网哪里有哎,关于amber中分子和金属作用的,没有找到哎,是在例子里面吗
6楼2013-07-15 17:39:06
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