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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » zn离子在amber中处理显示为四面体结构
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929272582

铁虫 (初入文坛)

[求助] zn离子在amber中处理显示为四面体结构

zn离子在amber中处理后，还未加水之前，保存成.prmtop 和.inpcrd文件，再在vmd中打开.prmtop 和.inpcrd文件后，zn离子显示为四面体结构，很奇怪的结构，这是怎么回事？希望得到高手指点，谢谢

图中两个绿色多面体结构为zn离子



[ Last edited by 929272582 on 2012-5-29 at 14:26 ]
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1楼 2012-05-29 14:16:13
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caixin5120

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
929272582: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-30 10:35:14
这个是正确的显示，zn离子可以和有机化合物或周围的氨基酸残基形成4配位结构。
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2楼2012-05-30 09:58:47
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929272582

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by caixin5120 at 2012-05-30 09:58:47
这个是正确的显示，zn离子可以和有机化合物或周围的氨基酸残基形成4配位结构。

谢谢
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3楼2012-05-30 10:37:31
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liuwei4410

金虫 (正式写手)
我想请教一下楼主，是怎么让amber可以识别zn离子的？谢谢了啊！
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一切都是浮云，开心最重要！
4楼2012-05-30 18:54:24
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929272582

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuwei4410 at 2012-05-30 18:54:24
我想请教一下楼主，是怎么让amber可以识别zn离子的？谢谢了啊！

amber官网有哦，你可以看看
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5楼2012-06-03 08:56:55
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jennie宁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 929272582 at 2012-06-03 08:56:55
amber官网有哦，你可以看看...

不好意思，我想请问一下，楼主，官网哪里有哎，关于amber中分子和金属作用的，没有找到哎，是在例子里面吗
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6楼2013-07-15 17:39:06
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