应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » Quntum espresso “relax” 计算出错
121/2返回列表12下一页
查看: 1656  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yanglina062

银虫 (小有名气)

[求助] Quntum espresso “relax” 计算出错

最近在用Quntum espresso优化一个二氧化钛的cluster,可是老是会出现同样的错误。哪位高手给我看看，谢谢了！下面是我的输入和输出文件：
输入文件：
&CONTROL
  calculation  = 'relax',
  prefix       = 'tio2-opt',
  pseudo_dir   = '/home/yanglina/espresso-4.3.2/pseudo-new',
  outdir       = '/scratch/yanglina/',
  nstep        = 300
  forc_conv_thr= 1.0D-3
  tprnfor      = .TRUE
  etot_conv_thr= 1.0D-4
/
&SYSTEM
  ibrav     = 6,
  celldm(1) = 66.1404,
  celldm(3) = 1.7143,
  nat       = 114,
  ntyp      = 2,
  ecutwfc   = 25.D0,
  ecutrho   = 200.D0,
/
&ELECTRONS
  conv_thr    = 1.D-6,
  mixing_beta = 0.7D0,
/
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'
/
&IONS
/
ATOMIC_SPECIES      
       O     15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
      Ti     47.9000015259  Ti.pbe-sp-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  O   0.3801050751713581   0.2723498562115601   1.5401106113869194
  O   0.3415217759647393   0.2847308199123059   1.4814234221664027
  O   0.3234942302591234   0.3324900497786905   1.5572849396990445
  ......
  ......
K_POINTS {Gamma}
输出文件：

   Initial potential from superposition of free atoms
     Check: negative starting charge=   -0.896111

     starting charge  873.99821, renormalised to  912.00000

     negative rho (up, down):  0.935E+00 0.000E+00
     Starting wfc are  684 atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is     1040.9 secs

     Self-consistent Calculation

     iteration #  1     ecut=    25.00 Ry     beta=0.70
     Davidson diagonalization with overlap
rank 4 in job 1  c2_50670   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: return code 41
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
come on!
1楼 2012-05-23 20:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-05-24 01:19:11
你用xcrysden 看一下结构有没有不合理的
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-23 21:53:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-05-23 21:53:49:
你用xcrysden 看一下结构有没有不合理的

这个.out文件打不开啊！
赞一下 回复此楼
come on!
3楼2012-05-23 22:10:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010: 金币+1, 多谢指导 2012-05-24 09:19:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by yanglina062 at 2012-05-23 22:10:21:
这个.out文件打不开啊！

用xcrysden打开输入文件
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-24 09:04:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-05-24 09:04:31:
用xcrysden打开输入文件

有一个问题，就是，两个钛原子之间本身是不成键的，可是到这个软件以显示就成键了，不知道是不是这个原因。可是这是从周期性结构扣出来的cluster，没法自己在xcrysden修改键长吧？麻烦您给解答一下吧！
赞一下 回复此楼
come on!
5楼2012-05-24 14:37:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by yanglina062 at 2012-05-24 14:37:18:
有一个问题，就是，两个钛原子之间本身是不成键的，可是到这个软件以显示就成键了，不知道是不是这个原因。可是这是从周期性结构扣出来的cluster，没法自己在xcrysden修改键长吧？麻烦您给解答一下吧！

能不能把完整的初始文件附上
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-24 19:42:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-05-24 19:42:30:
能不能把完整的初始文件附上

输入文件：
&CONTROL
  calculation  = 'relax',
  prefix       = 'tio2-opt',
  pseudo_dir   = '/home/yanglina/espresso-4.3.2/pseudo-new',
  outdir       = '/scratch/yanglina/',
  nstep        = 300
  forc_conv_thr= 1.0D-3
  tprnfor      = .TRUE
  etot_conv_thr= 1.0D-4
/
&SYSTEM
  ibrav     = 6,
  celldm(1) = 66.1404,
  celldm(3) = 1.7143,
  nat       = 114,
  ntyp      = 2,
  ecutwfc   = 25.D0,
  ecutrho   = 200.D0,
/
&ELECTRONS
  conv_thr    = 1.D-6,
  mixing_beta = 0.7D0,
/
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'
/
&IONS
/
ATOMIC_SPECIES      
       O     15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
      Ti     47.9000015259  Ti.pbe-sp-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  O   0.3373429082725292   0.3011755527836822   0.5414774336280653
  O   0.3044106060877458   0.3036187361589792   0.4812127377178885
  O   0.2815672636826734   0.3659219992095049   0.5529294989826210
  O   0.2519655150252034   0.4245320810076478   0.5260910032458588
  O   0.3548469918793064   0.4083992663403931   0.5397017433896345
  O   0.3077411730377633   0.3597856324151362   0.5146389383957004
  O   0.3558065347119876   0.3498722197470593   0.4721709937017791
  O   0.3219146896945233   0.4108424497156903   0.4794370474794608
  O   0.2990713472894500   0.4731457127662217   0.5511538087441925
  O   0.2694696008261423   0.5317558080050109   0.5243153127848435
  O   0.3723510776802486   0.5156229933377644   0.5379260529286255
  O   0.2661400166430217   0.4755882513244821   0.4908791223697601
  O   0.3252452566445415   0.4670093459718541   0.5128632481572694
  O   0.3733106183187656   0.4570959333037791   0.4703953034633517
  O   0.3394187754954647   0.5180661767130567   0.4776613570184482
  O   0.3165754308962286   0.5803694263229283   0.5493781185057671
  O   0.2869736844329215   0.6389795215617197   0.5225396225464190
  O   0.3898551612870279   0.6228467068944690   0.5361503626901971
  O   0.2836441002497984   0.5828119648811833   0.4891034321313357
  O   0.3427493402513190   0.5742330595285596   0.5110875579188463
  O   0.3908147019255441   0.5643196468604861   0.4686196132249260
  O   0.3569228591022431   0.6252898902697678   0.4758856667800198
  O   0.3340795145030064   0.6875931398796403   0.5476024282673406
  O   0.3011481838565773   0.6900356784378952   0.4873277418929066
  O   0.3602534238580993   0.6814567730852708   0.5093118676804170
  O   0.4083187855323237   0.6715433604171934   0.4668439229864996
  O   0.4183366138434645   0.2888201657832897   0.5592857501503840
  O   0.5255042153467878   0.2703284141552123   0.5388035055813821
  O   0.3854052831970362   0.2912627043415464   0.4990110637759523
  O   0.4445105366212630   0.2826837968222349   0.5209951900678619
  O   0.4925758714500823   0.2727703884875315   0.4785272443651438
  O   0.4115811943407879   0.2851264203049623   0.4607289183070802
  O   0.3887348517632926   0.3474302497481118   0.5324472539092213
  O   0.5430082989535675   0.3775521277119225   0.5370278153429542
  O   0.4916163554628077   0.3312974307474936   0.5460579950617969
  O   0.5396787035419050   0.3213845866387263   0.5035916242008864
  O   0.4029093668038146   0.3984864178982576   0.4972353735375225
  O   0.5987839838115350   0.3128056747860453   0.5255757515015952
  O   0.4620146202280452   0.3899075103789461   0.5192194998294325
  O   0.5100799550568577   0.3799941020442424   0.4767515541267157
  O   0.4586840264326174   0.3337406184561574   0.4857932981428247
  O   0.6129574736228853   0.3638624964199688   0.4903738595765579
  O   0.5658546146856546   0.3152483026021434   0.4653094787320156
  O   0.4290852779475656   0.3923501338616733   0.4589532280686530
  O   0.4533447832511889   0.5032676063373733   0.5557343694509412
  O   0.4062389353700710   0.4546539633048272   0.5306715636707952
  O   0.5605123847545082   0.4847758547092951   0.5352521248819420
  O   0.5091204390695849   0.4385211443042054   0.5442823048233687
  O   0.5571827871486815   0.4286083001954365   0.5018159339624599
  O   0.4204134526047572   0.5057101448956223   0.4954596830765106
  O   0.6162880674183116   0.4200293883427559   0.5238000612631641
  O   0.4795187060289874   0.4971312373763192   0.5174438093684177
  O   0.5275840408577960   0.4872178290416123   0.4749758636657032
  O   0.4761881100393987   0.4409643320128708   0.4840176079043961
  O   0.6304615594238278   0.4710862234173398   0.4885981691155447
  O   0.5833586982924327   0.4224720161588544   0.4635337884935873
  O   0.4708488668579672   0.6104913198940781   0.5539586792125189
  O   0.4237430189768496   0.5618776768615349   0.5288958734323659
  O   0.5780164683612854   0.5919995682659973   0.5334764346435128
  O   0.5266245226763573   0.5457448578609143   0.5425066145849447
  O   0.5746868707554584   0.5358320137521501   0.5000402437240317
  O   0.4379175362115340   0.6129338584523343   0.4936839928380839
  O   0.6337921510250882   0.5272531018994656   0.5220243710247394
  O   0.4970227896357608   0.6043549509330246   0.5156681191299942
  O   0.5450881244645740   0.5944415425983164   0.4732001734272759
  O   0.4936921936461766   0.5481880455695820   0.4822419176659712
  O   0.6479656430306050   0.5783099369740450   0.4868224788771171
  O   0.4640934473552883   0.6067975744157520   0.4554018473692124
  O   0.4412471025836285   0.6691013904182460   0.5271201831939446
  O   0.5441286062831354   0.6529685714176230   0.5407309243465149
  O   0.5921909543622344   0.6430557273088559   0.4982645534856026
  O   0.6512962346318658   0.6344768154561767   0.5202486807863138
  O   0.5111962772529487   0.6554117591262896   0.4804662274275408
  O   0.6183668655059866   0.6369194432722741   0.4599824080167349
  O   0.2495828013969948   0.3747196524667989   0.4910328560833822
  O   0.5963522267668011   0.5342591270798052   0.4576194329236457
Ti   0.2541568730942218   0.3690318328043796   0.5248850554079290
Ti   0.3351515502035113   0.3566758009869476   0.5426833814659948
Ti   0.2716609567009996   0.4762555463610974   0.5231093651695000
Ti   0.3526556338102876   0.4638995145436637   0.5409076912275663
Ti   0.3197263183752245   0.4663421336930226   0.4806414204755811
Ti   0.2891650403077756   0.5834792599178018   0.5213336749310773
Ti   0.3701597174170679   0.5711232281003702   0.5391320009891372
Ti   0.3372304019820022   0.5735658472497274   0.4788657302371554
Ti   0.3066691239145541   0.6907029734745108   0.5195579846926468
Ti   0.3876638010238456   0.6783469416570792   0.5373563107507100
Ti   0.3547344855887797   0.6807895608064369   0.4770900399987278
Ti   0.3909262098323112   0.2919300015448481   0.5312413060712924
Ti   0.4719209137870121   0.2795739653940461   0.5490396331381534
Ti   0.3579978896115343   0.2943719736045921   0.4709650775764097
Ti   0.4389915715065355   0.2820165888767740   0.4887733613773729
Ti   0.5451996570225858   0.3220518795086589   0.5358218675050254
Ti   0.4894249973937923   0.3867976789507587   0.5472639428997282
Ti   0.5122713099564018   0.3244938559017723   0.4755456380013448
Ti   0.3755019732183118   0.4015956871613042   0.4691893873379808
Ti   0.5932649918514004   0.3121384711739539   0.4933539218023094
Ti   0.4564956551133164   0.3892403024334844   0.4869976711389458
Ti   0.5627037406293611   0.4292755930653685   0.5340461772665971
Ti   0.4259343792400310   0.5063774420989293   0.5276899253718513
Ti   0.5069290831947294   0.4940214059481310   0.5454882524387098
Ti   0.5297753935631789   0.4317175694584842   0.4737699477629179
Ti   0.3930060590192543   0.5088194141586685   0.4674136968769688
Ti   0.6107690754581781   0.4193621847306645   0.4915782315638805
Ti   0.5802078242361368   0.5364993066220815   0.5322704870281738
Ti   0.4434384628468106   0.6136011556556360   0.5259142351334277
Ti   0.5244331668015035   0.6012451195048350   0.5437125622002885
Ti   0.4105101426260316   0.6160431277153791   0.4656380066385412
Ti   0.6282731590649567   0.5265858982873767   0.4898025413254535
Ti   0.4915038245210379   0.6036877429875620   0.4834462904395065
Ti   0.5977119078429162   0.6437230201787882   0.5304947967897429
Ti   0.5647835607767323   0.6461649965719035   0.4702185672860617
Ti   0.6457772426717354   0.6338096118440839   0.4880268510870277
Ti   0.3054779338250356   0.3627274894455362   0.4792453114817094
Ti   0.5438037095711999   0.5428012979023625   0.4687750978895950
K_POINTS {Gamma}
赞一下 回复此楼
come on!
7楼2012-05-24 22:37:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lbbz323

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢提示 2012-05-25 08:56:39
原子位置重叠了。
修改下可以计算，但是会出现对角化错误的提示。
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-24 23:03:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lbbz323 at 2012-05-24 23:03:50
原子位置重叠了。
修改下可以计算，但是会出现对角化错误的提示。

那请问是不是得重新建模啊？我刚开始用这个软件，很多都不懂。您给说一下怎么弄吧？谢谢！
赞一下 回复此楼
come on!
9楼2012-05-25 10:37:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lbbz323 at 2012-05-24 23:03:50
原子位置重叠了。
修改下可以计算，但是会出现对角化错误的提示。

请问高人能不能帮我解决一下这个问题啊？
赞一下 回复此楼
come on!
10楼2012-06-11 15:15:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yanglina062 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工300求调剂 +35 肖开文 2026-04-09 38/1900 2026-04-10 22:59 by Ftglcn90
[考研] 326求调剂 +5 Shansyn 2026-04-10 5/250 2026-04-10 22:23 by 猪会飞
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +10 LZH（等待调剂中 2026-04-10 10/500 2026-04-10 21:47 by fxue1114
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550， 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-10 12/600 2026-04-10 18:57 by HPUCZ
[考研] 308求调剂 +21 倘若起风了呢 2026-04-05 21/1050 2026-04-10 08:13 by Sammy2
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +9 木子念晞 2026-04-05 9/450 2026-04-09 20:04 by vgtyfty
[考研] 材料工程调剂 +12 小刘同学吖吖 2026-04-06 13/650 2026-04-09 17:07 by luoyongfeng
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 328求调剂 +17 lftmya 2026-04-07 18/900 2026-04-09 08:05 by 5268321
[考研] 专硕0854初试考材科基，求调剂 +7 3220548044 2026-04-06 10/500 2026-04-08 21:59 by hypershenger
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 本科生物信息学，总分362 求07 08调剂 +6 q小倩1210 2026-04-06 6/300 2026-04-07 19:40 by macy2011
[考研] 312求调剂 +4 LR6 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:42 by jp9609
[考研] 复试调剂 +14 呼呼？~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[考研] 26自然地理学303分求调剂 +4 一战成硕啊啊啊� 2026-04-06 9/450 2026-04-06 20:35 by lin-da
[考研] 22408 总分320，一篇论文二作，两个国三，求调剂 +3 Leomulufu 2026-04-04 5/250 2026-04-05 19:04 by chongya
[考研] 298求调剂 +7 manman511 2026-04-05 7/350 2026-04-05 10:29 by 唐沐儿
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭