应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD怎么看
71/1返回列表
查看: 1451  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

水影恋镜

新虫 (小有名气)

[求助] VMD怎么看

大家好，我在模仿做金属的空位缺陷时，已经生成XYZ文件，放入VMD中，怎么看金属原子的缺少啊？求大侠帮助。。。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : project2.pdf
    • 2012-05-23 15:36:50, 1.12 M

» 猜你喜欢
1楼 2012-05-23 15:36:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-23 21:12:11
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-23 20:21:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangliang8 at 2012-05-23 20:21:43:
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。

这个方法不是太好，就这个例子而言吧，空位缺陷位于中心位置，完全看不出，你还有什么好方法么？
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-23 21:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangliang8 at 2012-05-23 20:21:43:
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。

这个方法就本例的话，看的不是很清楚，主要是空位缺陷位于中心位置，你还有好的方法么?求指教。。。
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-23 21:56:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-24 09:19:25
请仔细阅读VMD手册 Using the atomselect command 一章内容，
不管你的想看什么位置，都可以选择显示，都可以看得清楚
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-24 08:44:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-24 22:08:32
我意思是说通过输入坐标范围来显示空位所在的那一层原子面，无论空位在哪都能找出来。例如你的cubic model在X方向尺寸为72.2A，若空位在模型中心位置的话你在35A
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-24 18:55:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我爱罗_沙

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-24 08:44:03
请仔细阅读VMD手册 Using the atomselect command 一章内容，
不管你的想看什么位置，都可以选择显示，都可以看得清楚

的确用atomselect可以只显示特定性质的原子（比如说配位数），但是空位是没有原子的地方，没有原子请问如何显示？
赞一下 回复此楼
Aal izz well。。。
7楼2013-02-17 14:18:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 水影恋镜 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭