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水影恋镜

新虫 (小有名气)

[求助] VMD怎么看

大家好，我在模仿做金属的空位缺陷时，已经生成XYZ文件，放入VMD中，怎么看金属原子的缺少啊？求大侠帮助。。。
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    • 2012-05-23 15:36:50, 1.12 M

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1楼 2012-05-23 15:36:53
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zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-23 21:12:11
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。
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2楼2012-05-23 20:21:43
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水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangliang8 at 2012-05-23 20:21:43:
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。

这个方法不是太好，就这个例子而言吧，空位缺陷位于中心位置，完全看不出，你还有什么好方法么？
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3楼2012-05-23 21:55:09
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水影恋镜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangliang8 at 2012-05-23 20:21:43:
根据输入文件可以估算一下你去掉的原子在哪个区域内，在VMD中通过坐标显示出那个区域（即空位所在那一层原子面），就能很清楚的看到空位缺陷。

这个方法就本例的话，看的不是很清楚，主要是空位缺陷位于中心位置，你还有好的方法么?求指教。。。
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4楼2012-05-23 21:56:29
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-24 09:19:25
请仔细阅读VMD手册 Using the atomselect command 一章内容，
不管你的想看什么位置，都可以选择显示，都可以看得清楚
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5楼2012-05-24 08:44:03
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zhangliang8

木虫 (正式写手)

木虫之友

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-24 22:08:32
我意思是说通过输入坐标范围来显示空位所在的那一层原子面，无论空位在哪都能找出来。例如你的cubic model在X方向尺寸为72.2A，若空位在模型中心位置的话你在35A
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6楼2012-05-24 18:55:09
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我爱罗_沙

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-24 08:44:03
请仔细阅读VMD手册 Using the atomselect command 一章内容，
不管你的想看什么位置，都可以选择显示，都可以看得清楚

的确用atomselect可以只显示特定性质的原子（比如说配位数），但是空位是没有原子的地方，没有原子请问如何显示？
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Aal izz well。。。
7楼2013-02-17 14:18:14
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