| 查看: 991 | 回复: 1 | ||
bjwang铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
wien2k运行脚本如何修改--sge（openmpi）?
|
|
官网上给的脚本例子是tcsh的Script for "sge" ，http://www.wien2k.at/reg_user/faq/sge.job 我打算用bash的。 在网上找了个bash下用在sge上的wien2k脚本，不知道需要修改哪些位置可以为己所用，有用sge的同学能否指点一下。能提供个直接可用的更好，谢谢！ #! /bin/bash # # Sample wien2k script for use with sge in ITP # adopted from the tcsh version in wien2k/qsub-job0-sge # # $NSLOTS # the number of tasks to be used # $TMPDIR/machines # a valid machine file to be passed to mpirun # # Options passed to qsub (denoted by #$) : # # Pass your environment to job #$ -V # # Run in current working directory (in most cases a good idea) #$ -cwd # Rename the STDOUT und STDERR Stream to an friendly name #$ -o job.out #$ -e job.err # select a queue #$ -q dwarfs # # How many resources do I need (per slot) # Lightly overcommit the memory, that it runs on 8GB machine #$ -l h_vmem=2G,virtual_free=1800G # # Selected parallel environment and number of slots/processes # mpi is needed, although we do not start a mpi job #$ -pe mpil 6 换成#$ -pe ompi 6 ？ # define the environment, eventually not needed export WIENROOT="/home/wien2k/wien2k" export PATH="$WIENROOT:$PATH" export SCRATCH="/tmp" # Set internal parallelization code in mkl to only use # on thread per process. export OMP_NUM_THREADS=1 # some information echo "Got $NSLOTS slots." >> job.out echo "Got $NSLOTS slots." >> job.err # read the mpi machines files (generated by the sge) proclist=(`cat $TMPDIR/machines`) nproc=$NSLOTS echo $nproc nodes for this job: $proclist rm .machines # Convert proclist to one line per slot/k-point. # In a single queue all nodes have equal performance. for a in ${proclist echo 1:$a >> .machines done #This line would force the mpi version #echo 1:$proclist >> .machines echo 'granularity:1' >>.machines echo 'extrafine:1' >>.machines # Run your caclulation x lapw1 –p [ Last edited by bjwang on 2012-5-16 at 16:10 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
电气专硕320求调剂
已经有5人回复
-
一志愿西北工业大学289 085602
已经有33人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有24人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有28人回复
-
化学工程调剂289
已经有50人回复
-
求调剂，262机械专硕
已经有8人回复
-
305求调剂
已经有6人回复
-
327求调剂
已经有5人回复
-
347求调剂
已经有4人回复
-
272分材料子求调剂
已经有47人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Wien2k运算过程lapw1总是出现错误
已经有7人回复
- Wien2k的maillist打包下载
已经有31人回复
- wien2k计算scf出现error: command ~/lapw1cpara -c lapw1.def failed
已经有3人回复
- 第一次使用wien2k的入门级问题
已经有8人回复
- wien2k编译出错
已经有6人回复
- wien2k在终端下计算能带，改怎么做？
已经有6人回复
- wien2k中在w2web中如何显示能带结构？
已经有4人回复
- Wien2k或FLAPW多少钱啊？
已经有8人回复
- Wien2k的软件包
已经有3人回复
- 并行WIEN2K安装失败，如何解决，谢谢！
已经有9人回复
- wien2k的结构文件
已经有5人回复
- wien2k编译故障! 急!!!!!
已经有13人回复
- wien2k并行编译错误-fftw
已经有4人回复
- 【求助】安装wien2k提示“Variable name must begin with a letter”
已经有13人回复
- 【求助】怎样将MS建的结构.cif文件导入Wien2k中？？？
已经有10人回复
- 【求助】WIEN2k计算UO2
已经有15人回复
- 【求助】Xcrysden在wien2k的使用问题！
已经有15人回复
bjwang
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 5860.3
- 散金: 94
- 红花: 6
- 帖子: 792
- 在线: 556.3小时
- 虫号: 250077
- 注册: 2006-05-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2012-10-28 09:40:51
