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bjwang铁杆木虫 (正式写手)
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wien2k运行脚本如何修改--sge（openmpi）?
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官网上给的脚本例子是tcsh的Script for "sge" ，http://www.wien2k.at/reg_user/faq/sge.job 我打算用bash的。 在网上找了个bash下用在sge上的wien2k脚本，不知道需要修改哪些位置可以为己所用，有用sge的同学能否指点一下。能提供个直接可用的更好，谢谢！ #! /bin/bash # # Sample wien2k script for use with sge in ITP # adopted from the tcsh version in wien2k/qsub-job0-sge # # $NSLOTS # the number of tasks to be used # $TMPDIR/machines # a valid machine file to be passed to mpirun # # Options passed to qsub (denoted by #$) : # # Pass your environment to job #$ -V # # Run in current working directory (in most cases a good idea) #$ -cwd # Rename the STDOUT und STDERR Stream to an friendly name #$ -o job.out #$ -e job.err # select a queue #$ -q dwarfs # # How many resources do I need (per slot) # Lightly overcommit the memory, that it runs on 8GB machine #$ -l h_vmem=2G,virtual_free=1800G # # Selected parallel environment and number of slots/processes # mpi is needed, although we do not start a mpi job #$ -pe mpil 6 换成#$ -pe ompi 6 ？ # define the environment, eventually not needed export WIENROOT="/home/wien2k/wien2k" export PATH="$WIENROOT:$PATH" export SCRATCH="/tmp" # Set internal parallelization code in mkl to only use # on thread per process. export OMP_NUM_THREADS=1 # some information echo "Got $NSLOTS slots." >> job.out echo "Got $NSLOTS slots." >> job.err # read the mpi machines files (generated by the sge) proclist=(`cat $TMPDIR/machines`) nproc=$NSLOTS echo $nproc nodes for this job: $proclist rm .machines # Convert proclist to one line per slot/k-point. # In a single queue all nodes have equal performance. for a in ${proclist echo 1:$a >> .machines done #This line would force the mpi version #echo 1:$proclist >> .machines echo 'granularity:1' >>.machines echo 'extrafine:1' >>.machines # Run your caclulation x lapw1 –p [ Last edited by bjwang on 2012-5-16 at 16:10 ] |
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bjwang
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