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egogg

木虫 (小有名气)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 4875.2
散金: 20
帖子: 61
在线: 1171.6小时
虫号: 595607
注册: 2008-09-08
专业: 生物信息学

[求助] NEB 结果分析

过渡态方面我是一个新手，求教一下NEB的结果如何分析：
CI-NEB的脚本给出了如下的反应路径，该如何分析？

反应过程的动画跟我想象的差不多，还需要做些什么工作？
非常感谢！

[ Last edited by egogg on 2012-5-15 at 15:15 ]

回复此楼

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1楼 2012-05-15 15:11:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)

1ST强帖: 9
应助: 6 (幼儿园)
金币: 709
散金: 5
红花: 17
帖子: 545
在线: 230.2小时
虫号: 1255502
注册: 2011-04-05
专业: 当代宗教

引用回帖:

11楼: Originally posted by wenyan0517 at 2012-05-21 17:00:31:
电子步我已经调大了已经设置成NELM=150 可还是出现这种问题；麻烦你能把“调整一下电荷密度的混合方法”说的具体点吗？没有太明白谢谢

电子迭代步数增加一般没什么作用，我说的是电子步迭代的优化方法，主要是ALGO, IALGO, LDIAG等，电荷密度混合方法由这些参数决定：IMIX, AMIX, AMIN, BMIX, AMIX_MAG, BMIX_MAG, WC,INIMIX, MIXPRE, MAXMIX。你可以查下手册看看。
另外，可以跟踪一下NEB时各个image的结构变化，如果有那个/些image结构变得不合理了，可以停下来，重新调整一下，然后再继续。别期望线性插值就一定是个好的NEB出发点，有时候需要根据经验，人为调整各个IMAGE的结构......