| 查看: 3310 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
shiling1813新虫 (小有名气)
|
[求助]
在lammps的neb计算中，如何限制原子在某个平面上运动？
|
||
|
大家好 如标题，在lammps的neb计算中，如何限制原子在某个平面上运动？ 兄弟我在限制原子在某个平面上运动的前提下，进行lammps的neb计算，不知可行吗？ 在lammps中有什么命令可以限制原子在某个平面上运动？ 我试验过fix planeforce和velocity命令联用，但那样好像改变了neb 计算中的原子上的力和速度，会影响动力学过程，并且和fix neb命令冲突，也没起到限制原子运动的作用。下面是我写的in文件，请批评指正。 units metal boundary f f p atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 atom_modify map array sort 0 0.0 variable u uloop 20 lattice fcc 1 read_data intcrack100Gparelax3 region box1 block 8 118 5 117 0 20.06075 region noboundaryatoms block 9 161 5 237 0 20.06075 pair_style eam/alloy pair_coeff * * nialre_djp.eam.alloy Ni Al Re group nobound region noboundaryatoms group fixedatoms1 id == 4421 group boundaryatoms subtract all nobound fix 1 boundaryatoms setforce 0.0 0.0 0.0 fix 2 fixedatoms setforce 0.0 0.0 0.0 region planemove block 8 130.851 5 117 0 20.06075 group planemoveg region planemove velocity planemoveg set 0 0 0 fix hold1 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 minimize 1.0e-6 1.0e-7 1000 10000 reset_timestep 0 timestep 0.005 fix 5 nobound neb 1.0 unfix hold1 fix hold2 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 velocity planemoveg set 0 0 0 thermo 100 dump 1 all custom 22000 dump.neb.$u id type x y z min_style quickmin neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有8人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问投PRL的文章的题目和摘要的字数有限制吗
已经有6人回复
- V2O5晶胞的建立——原子坐标位点
已经有4人回复
- 菜鸟在此请教各位能否从XRD图判断是否为纯平面结构
已经有6人回复
- 从outcar中提取原子坐标的脚本
已经有14人回复
- 原子力显微镜
已经有13人回复
- 分享一本讲原子力显微镜的书：Atomic Force Microscopy
已经有599人回复
- 计算neb出错，请高手帮忙看看
已经有27人回复
- 求教：ssh 登录集群某节点时不能进入home目录
已经有9人回复
- 平面内不同区域不同材料的设置
已经有6人回复
- 有没有人用联想THinkCentre M8300s 作高斯计算？
已经有4人回复
- lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
已经有7人回复
- 在LAMMPS中怎么控制温度变化速率
已经有4人回复
shiling1813
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 38
- 红花: 1
- 帖子: 128
- 在线: 88.2小时
- 虫号: 725356
- 注册: 2009-03-18
- 专业: 金属材料的微观结构
|
我刚看到你的问题。不好意思，我不是经常上论坛。 在NEB计算中，只取一个中间镜像态肯定不行，你得自己指定一些中间过渡态的个数，具体命令见上面我帖子中的命令：variable u uloop 20。这个命令实际上指定了18个过渡态（包括初末态共20个态）。另外，在运行NEB计算时，需要你自己指定服务器或集群cpu的核数，我运行时，是指定20个核（恰好等于20个态的数目）。 初态原子坐标是用read_data指定的，末态原子坐标是用“neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench”中的relax100quench指定的。relax100quench是我自己构造的末态构形的原子坐标文件。你需要自己构造你的初态和末态构形文件，然后读入lammps才能执行NEB计算。 |
3楼2015-07-15 20:03:41
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2015-07-02 21:27:00
xxxxzzz
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1682
- 散金: 200
- 帖子: 303
- 在线: 83小时
- 虫号: 2018899
- 注册: 2012-09-21
- 性别: GG
- 专业: 核技术及其应用
4楼2015-12-09 15:08:58
杨and王
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1710.1
- 帖子: 36
- 在线: 28.5小时
- 虫号: 4659848
- 注册: 2016-05-05
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的微观结构
|
你好，请问ERROR: Cannot use NEB with a single replica (../neb.cpp:139)。问题解决了吗？可以分享一下解决方法吗？ 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-05-09 21:24:42