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shiling1813新虫 (小有名气)
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在lammps的neb计算中，如何限制原子在某个平面上运动？
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大家好 如标题，在lammps的neb计算中，如何限制原子在某个平面上运动？ 兄弟我在限制原子在某个平面上运动的前提下，进行lammps的neb计算，不知可行吗？ 在lammps中有什么命令可以限制原子在某个平面上运动？ 我试验过fix planeforce和velocity命令联用，但那样好像改变了neb 计算中的原子上的力和速度，会影响动力学过程，并且和fix neb命令冲突，也没起到限制原子运动的作用。下面是我写的in文件，请批评指正。 units metal boundary f f p atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 atom_modify map array sort 0 0.0 variable u uloop 20 lattice fcc 1 read_data intcrack100Gparelax3 region box1 block 8 118 5 117 0 20.06075 region noboundaryatoms block 9 161 5 237 0 20.06075 pair_style eam/alloy pair_coeff * * nialre_djp.eam.alloy Ni Al Re group nobound region noboundaryatoms group fixedatoms1 id == 4421 group boundaryatoms subtract all nobound fix 1 boundaryatoms setforce 0.0 0.0 0.0 fix 2 fixedatoms setforce 0.0 0.0 0.0 region planemove block 8 130.851 5 117 0 20.06075 group planemoveg region planemove velocity planemoveg set 0 0 0 fix hold1 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 minimize 1.0e-6 1.0e-7 1000 10000 reset_timestep 0 timestep 0.005 fix 5 nobound neb 1.0 unfix hold1 fix hold2 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 velocity planemoveg set 0 0 0 thermo 100 dump 1 all custom 22000 dump.neb.$u id type x y z min_style quickmin neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench |
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2楼2015-07-02 21:27:00
shiling1813
新虫 (小有名气)
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我刚看到你的问题。不好意思，我不是经常上论坛。 在NEB计算中，只取一个中间镜像态肯定不行，你得自己指定一些中间过渡态的个数，具体命令见上面我帖子中的命令：variable u uloop 20。这个命令实际上指定了18个过渡态（包括初末态共20个态）。另外，在运行NEB计算时，需要你自己指定服务器或集群cpu的核数，我运行时，是指定20个核（恰好等于20个态的数目）。 初态原子坐标是用read_data指定的，末态原子坐标是用“neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench”中的relax100quench指定的。relax100quench是我自己构造的末态构形的原子坐标文件。你需要自己构造你的初态和末态构形文件，然后读入lammps才能执行NEB计算。 |
3楼2015-07-15 20:03:41
xxxxzzz
金虫 (正式写手)
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4楼2015-12-09 15:08:58
杨and王
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你好，请问ERROR: Cannot use NEB with a single replica (../neb.cpp:139)。问题解决了吗？可以分享一下解决方法吗？ 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-05-09 21:24:42
6楼2018-08-08 04:15:25
