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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 跑动力时遇到的问题？？big problem~~~
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zxl523

金虫 (著名写手)

[交流] 跑动力时遇到的问题？？big problem~~~

我在ms里面建好了一个盒子，然后用调好参数的文件跑动力学，可是显示跑不下去，于是我就把盒子优化了一下，这次可以跑了，可是出来的密度是不断上升的，也就是说这其中的环节出现了错误，是参数的问题:还是不应该优化:还是开始的盒子就有问题 ，有哪位高人帮忙指点，为表谢意本人将竭尽所能答谢。

[ Last edited by zxl523 on 2012-5-14 at 11:07 ]
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1楼 2012-05-14 11:04:18
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-14 13:01:46
优化盒子是什么意思？如果在跑的过程中一直优化，密度上升是可能的，因为盒子可能一直在缩小。
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2楼2012-05-14 11:24:26
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-05-14 11:24:26:
优化盒子是什么意思？如果在跑的过程中一直优化，密度上升是可能的，因为盒子可能一直在缩小。

是没跑钱就优化了
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3楼2012-05-14 13:13:40
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ti_pn

金虫 (正式写手)
★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
只能说明你的初始结构偏离平衡结构太远了，所以才会一直上升，到平衡后自然就稳定了
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6楼2012-05-14 15:33:26
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捡金小儿

新虫 (著名写手)
★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
闲来逛逛……
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7楼2012-05-14 15:47:32
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ti_pn at 2012-05-14 15:33:26:
只能说明你的初始结构偏离平衡结构太远了，所以才会一直上升，到平衡后自然就稳定了

怎么才能让平衡，那意思就是参数不对吧？
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8楼2012-05-14 15:55:16
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zxl523 at 2012-05-14 13:13:40:
是没跑钱就优化了

是跑前就优化了
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10楼2012-05-14 15:56:02
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zxl523

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-05-14 11:24:26:
优化盒子是什么意思？如果在跑的过程中一直优化，密度上升是可能的，因为盒子可能一直在缩小。

跑前就已经优化结构了。
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13楼2012-05-14 16:13:29
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yangy1220

新虫 (职业作家)
★
zxl523(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
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16楼2012-05-14 16:51:36
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zxl523

金虫 (著名写手)
原来我是对的竟然每一个人看出来，晕！！！！！真不知道大家.....干嘛的呢是.....
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17楼2012-05-22 15:26:06
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fuhanmei4楼
2012-05-14 13:25   回复  
zxl523(金币+1): 谢谢参与
幽门螺杆菌5楼
2012-05-14 13:27   回复  
zxl523(金币+1): 谢谢参与
zxl5239楼
2012-05-14 15:55   回复  
引用回帖:
7楼: Originally posted by 捡金小儿 at 2012-05-14 15:47:32: 闲来逛逛……

86739294911楼
2012-05-14 16:06   回复  
zxl523(金币+1): 谢谢参与
zxl52312楼
2012-05-14 16:09   回复  
引用回帖:
11楼: Originally posted by 867392949 at 2012-05-14 16:06:48:

haixing200814楼
2012-05-14 16:32   回复  
zxl523(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福
linyonghe15楼
2012-05-14 16:37   回复  
zxl523(金币+1): 谢谢参与
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