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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] autodock里的cluster

各位高手，autodock里的cluster analysis目的是什么？？
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1楼 2012-05-11 14:26:33
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-12 15:23:27
lid5251: 金币+3, ★有帮助 2012-05-14 08:40:59
把相似的构象聚类（以RMSD为依据），减少分析的对象
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2楼2012-05-11 14:33:40
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-11 14:33:40:
把相似的构象聚类（以RMSD为依据），减少分析的对象

怎么以RMSD为依据，能不能说的详细一些？？
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3楼2012-05-14 08:41:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
lid5251: 金币+2 2012-05-14 09:08:48
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-14 09:24:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-14 08:41:20:
怎么以RMSD为依据，能不能说的详细一些？？

AD的教程里有详细的描述，可以自己改变簇RMSD的设置，基本原理是以该簇能量最低的构象为比较对象，RMSD小于定值的所有构象都被归类在一起，这就形成了一个簇，RMSD大于定值的最低能量构象作为第二个簇的比较对象，RMSD小于定值的形成第2个簇，以此类推
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4楼2012-05-14 09:06:10
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