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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK

寻求autodock高手，如何把一个已知的蛋白序列构象导入到autodock里，或者导入到sybyl里进行fit以后再用autodock呢？在蛋白库里找到的蛋白的二级结构都是带状的，可以直接模拟吗？？十分紧急，万分感谢！
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1楼 2012-05-08 09:12:12
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！我已知蛋白的PDB ID！
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4楼2012-05-08 09:59:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-08 09:48:08
lid5251: 金币+5 2012-05-08 09:54:54
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的
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2楼2012-05-08 09:39:21
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！
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3楼2012-05-08 09:57:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lid5251: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-08 10:09:58
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-05-08 13:09:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 09:57:06:
嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！

你要文件还是图片呢？图片可以从文件派生出来，用各种蛋白结构显示软件，比如pymol。下载的话你需要进入到你想要的蛋白界面，比如搜索“2MK1"或者输入"hydrolase"，找到你感兴趣的蛋白，有个download选项，选择pdb(gz）格式的就行，下下来是个压缩包，打开就行
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5楼2012-05-08 10:00:00
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