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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK
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lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK

寻求autodock高手，如何把一个已知的蛋白序列构象导入到autodock里，或者导入到sybyl里进行fit以后再用autodock呢？在蛋白库里找到的蛋白的二级结构都是带状的，可以直接模拟吗？？十分紧急，万分感谢！
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1楼 2012-05-08 09:12:12
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-08 09:48:08
lid5251: 金币+5 2012-05-08 09:54:54
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的
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2楼2012-05-08 09:39:21
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！
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3楼2012-05-08 09:57:06
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！我已知蛋白的PDB ID！
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4楼2012-05-08 09:59:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lid5251: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-08 10:09:58
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-05-08 13:09:54
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3楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 09:57:06:
嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！

你要文件还是图片呢？图片可以从文件派生出来，用各种蛋白结构显示软件，比如pymol。下载的话你需要进入到你想要的蛋白界面，比如搜索“2MK1"或者输入"hydrolase"，找到你感兴趣的蛋白，有个download选项，选择pdb(gz）格式的就行，下下来是个压缩包，打开就行
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5楼2012-05-08 10:00:00
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lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:00:00:
你要文件还是图片呢？图片可以从文件派生出来，用各种蛋白结构显示软件，比如pymol。下载的话你需要进入到你想要的蛋白界面，比如搜索“2MK1"或者输入"hydrolase"，找到你感兴趣的蛋白，有个down ...

我也不清楚应该是用文件还是图片，我是想引用里面的蛋白构象来做autodock，那按照你上面提到的图片可以从文件派生出来，那我直接下载pdb格式的文件，就应该可以了吧？？万分感谢！
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6楼2012-05-08 10:10:04
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 呵呵~ps 2012-05-08 13:10:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 10:10:04:
我也不清楚应该是用文件还是图片，我是想引用里面的蛋白构象来做autodock，那按照你上面提到的图片可以从文件派生出来，那我直接下载pdb格式的文件，就应该可以了吧？？万分感谢！

其实你仔细的想一想，怎么可能用图片做分子对接呢？那是PS的活~~~哈哈哈~开个玩笑，你仔细的了解一下对接的原理和常用的软件，实际上都是通过调整小分子的构象，让它和蛋白处于最合适的结合位置，那么你操作的对象肯定是结构文件，而不是图片啊~你想想是不是
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7楼2012-05-08 10:23:49
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lid5251

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:23:49:
其实你仔细的想一想，怎么可能用图片做分子对接呢？那是PS的活~~~哈哈哈~开个玩笑，你仔细的了解一下对接的原理和常用的软件，实际上都是通过调整小分子的构象，让它和蛋白处于最合适的结合位置，那么你操作的对 ...

噢，我明白了，不好意思，我刚入手模拟这一块，所以不是很懂，呵呵，我已经找到了需要的pdb文件，请问你知道怎么导入到sybyl里进行优化吗？我是想把该文件导入到sybyl里面，和配体fit后，再在autodock上进行对接，不知道我是否描述清楚了，谢谢，期待您的解答！！
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8楼2012-05-08 10:35:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
8楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 10:35:22:
噢，我明白了，不好意思，我刚入手模拟这一块，所以不是很懂，呵呵，我已经找到了需要的pdb文件，请问你知道怎么导入到sybyl里进行优化吗？我是想把该文件导入到sybyl里面，和配体fit后，再在autodock上进行对接 ...

为什么一定要经过sybyl优化呢？fit的目的又是什么呢？用autodock完全可以搞定啊~
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9楼2012-05-08 10:42:23
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lid5251

新虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:42:23:
为什么一定要经过sybyl优化呢？fit的目的又是什么呢？用autodock完全可以搞定啊~

我原来是在sybyl里构建受体和配体，在sybyl里进行二者的fit，使其二者能够在设想的位点结合，然后用autodock对接。现在受体直接用蛋白库里的pdb文件，配体在sybyl构建，不用fit直接可以用autodock完成对接而不用fit吗？
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10楼2012-05-08 10:58:31
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