应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 1238  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lid5251

新虫 (小有名气)

[求助] AUTODOCK

寻求autodock高手，如何把一个已知的蛋白序列构象导入到autodock里，或者导入到sybyl里进行fit以后再用autodock呢？在蛋白库里找到的蛋白的二级结构都是带状的，可以直接模拟吗？？十分紧急，万分感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-05-08 09:12:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-08 09:48:08
lid5251: 金币+5 2012-05-08 09:54:54
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-08 09:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-08 09:57:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 09:39:21:
....这个问题。。。。带状是显示的问题啊~同样的结构有不同的显示方式啊~有带状的，有棍状的~有各种形状的，只要你的文件是.pdb,他就是蛋白三级结构啊~是可以直接导入autodock的

嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！我已知蛋白的PDB ID！
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-08 09:59:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lid5251: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-08 10:09:58
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-05-08 13:09:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 09:57:06:
嗯，谢谢，我刚发现可以改变它的显示方式，另外，还有一个问题，希望能得到你的帮助，如何在PDB蛋白库里找到关于蛋白构象的pdb格式或者mol2格式的文件或图片啊，谢谢！！

你要文件还是图片呢？图片可以从文件派生出来，用各种蛋白结构显示软件，比如pymol。下载的话你需要进入到你想要的蛋白界面，比如搜索“2MK1"或者输入"hydrolase"，找到你感兴趣的蛋白，有个download选项，选择pdb(gz）格式的就行，下下来是个压缩包，打开就行
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-08 10:00:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:00:00:
你要文件还是图片呢？图片可以从文件派生出来，用各种蛋白结构显示软件，比如pymol。下载的话你需要进入到你想要的蛋白界面，比如搜索“2MK1"或者输入"hydrolase"，找到你感兴趣的蛋白，有个down ...

我也不清楚应该是用文件还是图片，我是想引用里面的蛋白构象来做autodock，那按照你上面提到的图片可以从文件派生出来，那我直接下载pdb格式的文件，就应该可以了吧？？万分感谢！
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-08 10:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 呵呵~ps 2012-05-08 13:10:30
引用回帖:
6楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 10:10:04:
我也不清楚应该是用文件还是图片，我是想引用里面的蛋白构象来做autodock，那按照你上面提到的图片可以从文件派生出来，那我直接下载pdb格式的文件，就应该可以了吧？？万分感谢！

其实你仔细的想一想，怎么可能用图片做分子对接呢？那是PS的活~~~哈哈哈~开个玩笑，你仔细的了解一下对接的原理和常用的软件，实际上都是通过调整小分子的构象，让它和蛋白处于最合适的结合位置，那么你操作的对象肯定是结构文件，而不是图片啊~你想想是不是
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-08 10:23:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:23:49:
其实你仔细的想一想，怎么可能用图片做分子对接呢？那是PS的活~~~哈哈哈~开个玩笑，你仔细的了解一下对接的原理和常用的软件，实际上都是通过调整小分子的构象，让它和蛋白处于最合适的结合位置，那么你操作的对 ...

噢，我明白了，不好意思，我刚入手模拟这一块，所以不是很懂，呵呵，我已经找到了需要的pdb文件，请问你知道怎么导入到sybyl里进行优化吗？我是想把该文件导入到sybyl里面，和配体fit后，再在autodock上进行对接，不知道我是否描述清楚了，谢谢，期待您的解答！！
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-08 10:35:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
8楼: Originally posted by lid5251 at 2012-05-08 10:35:22:
噢，我明白了，不好意思，我刚入手模拟这一块，所以不是很懂，呵呵，我已经找到了需要的pdb文件，请问你知道怎么导入到sybyl里进行优化吗？我是想把该文件导入到sybyl里面，和配体fit后，再在autodock上进行对接 ...

为什么一定要经过sybyl优化呢？fit的目的又是什么呢？用autodock完全可以搞定啊~
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-08 10:42:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lid5251

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-05-08 10:42:23:
为什么一定要经过sybyl优化呢？fit的目的又是什么呢？用autodock完全可以搞定啊~

我原来是在sybyl里构建受体和配体，在sybyl里进行二者的fit，使其二者能够在设想的位点结合，然后用autodock对接。现在受体直接用蛋白库里的pdb文件，配体在sybyl构建，不用fit直接可以用autodock完成对接而不用fit吗？
赞一下 回复此楼
10楼2012-05-08 10:58:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lid5251 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336材料求调剂 +7 陈滢莹 2026-03-26 9/450 2026-03-27 00:20 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 求调剂 +5 芦lty 2026-03-25 6/300 2026-03-26 20:49 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +8 y7czhao 2026-03-26 8/400 2026-03-26 19:51 by 不吃魚的貓
[考研] 312求调剂 +8 上岸吧ZJY 2026-03-22 12/600 2026-03-26 18:49 by muchong357
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 7/350 2026-03-26 16:07 by 不吃魚的貓
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +17 tcxiaoxx 2026-03-20 19/950 2026-03-26 16:04 by 不吃魚的貓
[考研] 考研调剂 +6 来好运来来来 2026-03-21 7/350 2026-03-25 22:43 by 418490947
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 材料求调剂 +4 .m.. 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:30 by peike
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 291求调剂 +3 HanBeiNingZC 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:34 by barlinike
[考研] 305分求调剂（食品工程） +5 Sxy112 2026-03-21 7/350 2026-03-24 12:27 by 544594351
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 070300，一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭