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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 食品 » 粮油与蛋白 » 有关PDB数据库的使用问题
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好

[求助] 有关PDB数据库的使用问题

最近做一个关于蛋白质3D结构相关的实验，涉及到蛋白质的空间构象，以及蛋白质在实验过程中的相关变化，所以要用到PDB数据库里面的蛋白质的空间结构。有做相关的大侠，可进来交流一下。
   1.首先，我想问问，我只是知道蛋白质的名称，不知道蛋白质的检索ID怎么去检索其相应的3D结构？
   2.PDB数据库有木有收录同种蛋白质的不同的聚体形式，比喻单体和二聚体的3D结构？如果有这样的，；请问你怎么检索？
   3.能检索到相关3D结构的是蛋白是不是都是改蛋白在结晶状态下的3D结构？




                                            期待和给位大侠们交流！
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1楼2012-05-04 17:07:18
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回帖置顶 ( 共有1个 )

98765432112

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
hsd3521: 回帖置顶 2012-05-05 08:53:39
hsd3521: 金币+1, 感谢关注食品版，谢谢 2012-05-05 08:53:51
进入PDB数据库网页：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 输入蛋白质名称，对于一种蛋白可能有很多种晶体结构，收录到PDB数据库，这个你可以根据它们的描述去选择你需要的晶体图，下载它们PDB格式的图即可，这些图需要相应的软件才可以打开，如：pyMOL
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路漫漫，吾将上下而求索
5楼2012-05-04 22:17:59
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普通回帖

neu234

木虫之王 (文学泰斗)
★
396101466(金币+1): 谢谢参与
帮顶
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2楼2012-05-04 17:22:22
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好
引用回帖:
2楼: Originally posted by neu234 at 2012-05-04 17:22:22:
帮顶

谢谢！
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人生的三大悲剧：不知道选择，不坚持选择，不断选择！
3楼2012-05-04 18:48:09
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zhaoweigang

金虫 (知名作家)
我也进来学习学习
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4楼2012-05-04 19:27:31
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好
引用回帖:
5楼: Originally posted by 98765432112 at 2012-05-04 22:17:59:
进入PDB数据库网页：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 输入蛋白质名称，对于一种蛋白可能有很多种晶体结构，收录到PDB数据库，这个你可以根据它们的描述去选择你需要的晶体图，下载它们PDB格式的图即可，这些 ...

这个软件我已近装了，还有我想问问，同种蛋白质的不同聚合度的能在PDB数据库中个找到么？
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人生的三大悲剧：不知道选择，不坚持选择，不断选择！
6楼2012-05-05 08:36:37
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396101466

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaoweigang at 2012-05-04 19:27:31:
我也进来学习学习

7楼2012-05-05 08:36:46
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lwjjtt214

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
8楼2012-05-14 10:18:10
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好
引用回帖:
8楼: Originally posted by lwjjtt214 at 2012-05-14 10:18:10:
学习

呵呵，我也是初学，要设计到这方面的内容....
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人生的三大悲剧：不知道选择，不坚持选择，不断选择！
9楼2012-05-15 08:46:37
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lq102021

金虫 (小有名气)
我也来学习学习
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10楼2012-07-25 20:23:14
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