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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好

[求助] 有关PDB数据库的使用问题

最近做一个关于蛋白质3D结构相关的实验,涉及到蛋白质的空间构象,以及蛋白质在实验过程中的相关变化,所以要用到PDB数据库里面的蛋白质的空间结构。有做相关的大侠,可进来交流一下。
   1.首先,我想问问,我只是知道蛋白质的名称,不知道蛋白质的检索ID怎么去检索其相应的3D结构?
   2.PDB数据库有木有收录同种蛋白质的不同的聚体形式,比喻单体和二聚体的3D结构?如果有这样的,;请问你怎么检索?
   3.能检索到相关3D结构的是蛋白是不是都是改蛋白在结晶状态下的3D结构?




                                            期待和给位大侠们交流!
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98765432112

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
hsd3521: 回帖置顶 2012-05-05 08:53:39
hsd3521: 金币+1, 感谢关注食品版,谢谢 2012-05-05 08:53:51
进入PDB数据库网页:http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 输入蛋白质名称,对于一种蛋白可能有很多种晶体结构,收录到PDB数据库,这个你可以根据它们的描述去选择你需要的晶体图,下载它们PDB格式的图即可,这些图需要相应的软件才可以打开,如:pyMOL
路漫漫,吾将上下而求索
5楼2012-05-04 22:17:59
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好

引用回帖:
2楼: Originally posted by neu234 at 2012-05-04 17:22:22:
帮顶

谢谢!
人生的三大悲剧:不知道选择,不坚持选择,不断选择!
3楼2012-05-04 18:48:09
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zhaoweigang

金虫 (知名作家)

我也进来学习学习
4楼2012-05-04 19:27:31
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396101466

金虫 (正式写手)

一段遗失的美好

引用回帖:
5楼: Originally posted by 98765432112 at 2012-05-04 22:17:59:
进入PDB数据库网页:http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do 输入蛋白质名称,对于一种蛋白可能有很多种晶体结构,收录到PDB数据库,这个你可以根据它们的描述去选择你需要的晶体图,下载它们PDB格式的图即可,这些 ...

这个软件我已近装了,还有我想问问,同种蛋白质的不同聚合度的能在PDB数据库中个找到么?
人生的三大悲剧:不知道选择,不坚持选择,不断选择!
6楼2012-05-05 08:36:37
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