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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助vasp编译好后无法运行问题？？
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rainbowind1

新虫 (小有名气)

[求助] 求助vasp编译好后无法运行问题？？

vasp 编译好了以后，运行算例，总是报错，求指点问题出在哪里。虚拟机上fedora系统.堆栈溢出问题吗?不甚感激，焦急万分~
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and    1 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, Vosko type interpolation para-ferro
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC        Routine            Line        Source            
vasp               0812769C  Unknown               Unknown  Unknown
Unknown            3F585F10  Unknown               Unknown  Unknown

Stack trace terminated abnormally.
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1楼2012-05-04 11:11:53
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liliangfang at 2012-05-04 11:21:43:
搴旇鏄紪璇戦棶棰橈紝涓?鐭ラ?撲綘鏄�?鏄敤ifort10缂栬瘧鐨勶紝濡傛灉鏄?㈡�?ifort11璇曡瘯

乱码么。。
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3楼2012-05-04 11:23:26
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 14:11:52:
bash脚本、bash终端：
请先执行ulimit -s unlimited
再执行vasp
tcsh/csh脚本、tcsh/csh终端：
请先执行unlimit

高手来应助，太好了。
你说的这个我已经做过了，可是还是一样的。输入ulimit -s
出现的是unlimited。
还有什么别的办法吗？？
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6楼2012-05-04 14:42:06
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liliangfang at 2012-05-04 15:38:53:
可能你的编译有问题啊，你的是不是ifort10编译的啊，如果是该另外的版本吧，遇到这样问题最好按正确方法重新编译一下

我用的ifort12的版本。其实我已经重新编译过好几次了，换了库试试，都没有出错，但是没有想到换个编译器版本。那我换个ifort10的试试~
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9楼2012-05-04 15:49:19
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 15:32:58:
是在一个节点/一个核上运行的，你编译的是串行版喽？
你使用了什么fortran编译器/BLAS/LAPACK/FFT3D？
把vasp.5.lib和vasp.5.2目录下使用的makefile贴上来 可以把注释掉的地方全删掉，这样阅读起来轻松一些
如 ...

vasp.5.2的makefile

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP     = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
          -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
     /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a
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13楼2012-05-04 15:57:20
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 15:32:58:
是在一个节点/一个核上运行的，你编译的是串行版喽？
你使用了什么fortran编译器/BLAS/LAPACK/FFT3D？
把vasp.5.lib和vasp.5.2目录下使用的makefile贴上来 可以把注释掉的地方全删掉，这样阅读起来轻松一些
如 ...

vasp.5 lib的makefile，没有改动几乎。

CPP     = gcc -E -P -C $*.F >$*.f
FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort

CFLAGS = -O
FFLAGS = -O0 -FI
FREE   =  -FR

DOBJ =  preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o

lapack_min.o: lapack_min.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.f
lapack_double.o: lapack_double.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.f
lapack_single.o: lapack_single.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.f
lapack_atlas.o: lapack_atlas.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.f
linpack_double.o: linpack_double.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.f
linpack_single.o: linpack_single.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f

.c.o:
        $(CC) $(CFLAGS) -c $*.c
.F.o:
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
.F.f:
        $(CPP)
.f.o:
        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
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15楼2012-05-04 15:59:25
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
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12楼: Originally posted by souledge at 2012-05-04 15:54:50:
只有一个原子的模型，除非box太大，否则不可能堆栈溢出，跑这么个东东用的内存甚至比开个firefox都少一些。并且，segment fault也不是堆栈溢出的意思，而是段错误，段错误是由于指针或者内存引用出现问题，而溢出 ...

我错了
请看我的vasp5.2 makefile
请高人帮我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP     = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
          -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
     /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a
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17楼2012-05-04 16:03:52
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19楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 16:14:41:
1  GotoBLAS2你是使用gcc+ifort编译的么？如果不是，可能会存在问题
2 fftw你是使用apt-get方式安装的么？如果是，请到fftw官方网站下载后指定FC=ifort编译后再使用
3 可已尝试设置 OFLAG=-O2

1.GotoBALAs2是这么编译的，gcc+ifort
2.fftw是./configure -prefix /usr/local/fftw, make，make install,安装的
3.试试。。
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21楼2012-05-04 16:47:11
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