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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助vasp编译好后无法运行问题？？
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liliangfang

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【答案】应助回帖

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9楼: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 15:49:19:
我用的ifort12的版本。其实我已经重新编译过好几次了，换了库试试，都没有出错，但是没有想到换个编译器版本。那我换个ifort10的试试~

论坛里面有安装教程的你安装着一步一步来就没多大问题的，我记得我刚开始也有着情况的，后来重新编译就没事啦
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11楼2012-05-04 15:53:01
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souledge

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【答案】应助回帖

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rainbowind1: 金币+5 2012-05-04 16:12:10
只有一个原子的模型，除非box太大，否则不可能堆栈溢出，跑这么个东东用的内存甚至比开个firefox都少一些。并且，segment fault也不是堆栈溢出的意思，而是段错误，段错误是由于指针或者内存引用出现问题，而溢出不一定会发生段错误，否则就不会有那么多溢出漏洞和溢出攻击了。
这个问题一般是FCFLAGS或者代码优化的设置不对出现的，174错误基本就是编译器也搞不清楚为什么出错一样的概念～可以看到N多的编译问题得到的代码都是174错误（ifort编译）
LZ除了说出错和虚拟机中的Fedora外，没提供任何可分析资源（编译脚本，编译环境设置，您至少得说说吧？），实在想问问LZ是打算让我们猜么……
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12楼2012-05-04 15:54:50
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rainbowind1

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7楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 15:32:58:
是在一个节点/一个核上运行的，你编译的是串行版喽？
你使用了什么fortran编译器/BLAS/LAPACK/FFT3D？
把vasp.5.lib和vasp.5.2目录下使用的makefile贴上来 可以把注释掉的地方全删掉，这样阅读起来轻松一些
如 ...

vasp.5.2的makefile

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP     = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
          -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
     /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a
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13楼2012-05-04 15:57:20
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souledge

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【答案】应助回帖

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8楼: Originally posted by liliangfang at 2012-05-04 15:38:53:
可能你的编译有问题啊，你的是不是ifort10编译的啊，如果是该另外的版本吧，遇到这样问题最好按正确方法重新编译一下

对VASP 4.6，编译器10和11更好点，但是对5.2，ifort 12的确没发现什么问题，无论是intel平台还是AMD平台，无论是Red hat系还是Debian系还是SUSE系……
有人试过Gentoo系么……
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14楼2012-05-04 15:58:00
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rainbowind1

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7楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 15:32:58:
是在一个节点/一个核上运行的，你编译的是串行版喽？
你使用了什么fortran编译器/BLAS/LAPACK/FFT3D？
把vasp.5.lib和vasp.5.2目录下使用的makefile贴上来 可以把注释掉的地方全删掉，这样阅读起来轻松一些
如 ...

vasp.5 lib的makefile，没有改动几乎。

CPP     = gcc -E -P -C $*.F >$*.f
FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort

CFLAGS = -O
FFLAGS = -O0 -FI
FREE   =  -FR

DOBJ =  preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o

lapack_min.o: lapack_min.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.f
lapack_double.o: lapack_double.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.f
lapack_single.o: lapack_single.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.f
lapack_atlas.o: lapack_atlas.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.f
linpack_double.o: linpack_double.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.f
linpack_single.o: linpack_single.f
        $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f

.c.o:
        $(CC) $(CFLAGS) -c $*.c
.F.o:
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
.F.f:
        $(CPP)
.f.o:
        $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
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15楼2012-05-04 15:59:25
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souledge

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引用回帖:
13楼: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 15:57:20:
vasp.5.2的makefile

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP     = $(CPP_)  -DHOST ...

CPP中加个-DIFC项，FFLAGS中去掉-lowercases，BLAS、和LAPACK都换MKL的试试（用共享库，别用打包库，容易出现缺defien的毛病）。
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16楼2012-05-04 16:02:17
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rainbowind1

新虫 (小有名气)
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12楼: Originally posted by souledge at 2012-05-04 15:54:50:
只有一个原子的模型，除非box太大，否则不可能堆栈溢出，跑这么个东东用的内存甚至比开个firefox都少一些。并且，segment fault也不是堆栈溢出的意思，而是段错误，段错误是由于指针或者内存引用出现问题，而溢出 ...

我错了
请看我的vasp5.2 makefile
请高人帮我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP     = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
          -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
     /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a
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17楼2012-05-04 16:03:52
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liliangfang

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14楼: Originally posted by souledge at 2012-05-04 15:58:00:
对VASP 4.6，编译器10和11更好点，但是对5.2，ifort 12的确没发现什么问题，无论是intel平台还是AMD平台，无论是Red hat系还是Debian系还是SUSE系……
有人试过Gentoo系么……

没试过12哈，我5.2就是11编译的
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18楼2012-05-04 16:05:29
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
rainbowind1: 金币+2 2012-05-04 16:18:12
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17楼: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 16:03:52:
我错了
请看我的vasp5.2 makefile
请高人帮我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional ...

1  GotoBLAS2你是使用gcc+ifort编译的么？如果不是，可能会存在问题
2 fftw你是使用apt-get方式安装的么？如果是，请到fftw官方网站下载后指定FC=ifort编译后再使用
3 可已尝试设置 OFLAG=-O2
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19楼2012-05-04 16:14:41
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
17楼: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 16:03:52:
我错了
请看我的vasp5.2 makefile
请高人帮我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional ...

请使用一下命令：
CODE:
cat Makefile | awk 'BEGIN{FS="="}$2!=""{print $0}' | sed '/#/d'
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20楼2012-05-04 16:28:27
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