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zhenguo86

木虫 (著名写手)

[求助] 请教,CoMFA多个分子做模板怎么操作?非常感谢!

请教,CoMFA多个分子做模板怎么操作?非常感谢!
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ky96998

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-05-03 11:13:31
楼主没有把问题说清楚,你所说的多个分子做模版,到底是这些分子有共同(相似)的骨架呢还是没有共同(相似)的骨架呢?这个不得而知。如果骨架相同或者相似可以选取原子来叠合啊。如果没有相同(相似)的骨架而有受体结构,也知道活性化合物与受体的结合信息(药效元素作用信息),那就可以采取分子对接的方式来叠合,这时候选择对接构象时要根据正确的药效元素作用方式来选择。如果不符合以上两种情况可能就不好做了。
2楼2012-05-02 17:13:02
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zhenguo86

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ky96998 at 2012-05-02 17:13:02:
楼主没有把问题说清楚,你所说的多个分子做模版,到底是这些分子有共同(相似)的骨架呢还是没有共同(相似)的骨架呢?这个不得而知。如果骨架相同或者相似可以选取原子来叠合啊。如果没有相同(相似)的骨架而有 ...

有共同骨架,分子很相似,做CoMFA,将几个活性最高的化合物叠合到一起之后怎样用它作为模板,来进行下一步的训练集叠合,非常感谢Sybyl初学很多基本操作不会
3楼2012-05-03 09:55:04
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ky96998

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhenguo86 at 2012-05-03 09:55:04:
有共同骨架,分子很相似,做CoMFA,将几个活性最高的化合物叠合到一起之后怎样用它作为模板,来进行下一步的训练集叠合,非常感谢Sybyl初学很多基本操作不会

一般就选择活性最高那个分子做模板,选取模版分子共同骨架上面的某些原子进行叠合就行了。
4楼2012-05-09 22:02:02
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zlp-lw

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ky96998 at 2012-05-09 22:02:02
一般就选择活性最高那个分子做模板,选取模版分子共同骨架上面的某些原子进行叠合就行了。...

您好,请教一下,模板分子的共同骨架在选择的时候有没有什么要求?是随便选择的吗?
5楼2013-04-13 15:21:11
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zhenguo86

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zlp-lw at 2013-04-13 15:21:11
您好,请教一下,模板分子的共同骨架在选择的时候有没有什么要求?是随便选择的吗?...

这个我也不太懂,不过肯定不是随机选的,好像最好是选药效团,不能确定的话可以选这类化合物的母体结构
6楼2013-04-14 23:49:30
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木鸟2012

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-03 16:21:40
你找到活性最好的那个化合物,以它为模板,再找到他们的公共结构,选中公共结构中的除氢原子外的所有原子,以此叠合就可以了。
努力做科研
7楼2013-06-26 16:35:48
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