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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教，CoMFA多个分子做模板怎么操作？非常感谢！
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zhenguo86

木虫 (著名写手)

[求助] 请教，CoMFA多个分子做模板怎么操作？非常感谢！

请教，CoMFA多个分子做模板怎么操作？非常感谢！
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1楼 2012-04-29 19:24:07
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-05-03 11:13:31
楼主没有把问题说清楚，你所说的多个分子做模版，到底是这些分子有共同（相似）的骨架呢还是没有共同（相似）的骨架呢？这个不得而知。如果骨架相同或者相似可以选取原子来叠合啊。如果没有相同（相似）的骨架而有受体结构，也知道活性化合物与受体的结合信息（药效元素作用信息），那就可以采取分子对接的方式来叠合，这时候选择对接构象时要根据正确的药效元素作用方式来选择。如果不符合以上两种情况可能就不好做了。
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2楼2012-05-02 17:13:02
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zhenguo86

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ky96998 at 2012-05-02 17:13:02:
楼主没有把问题说清楚，你所说的多个分子做模版，到底是这些分子有共同（相似）的骨架呢还是没有共同（相似）的骨架呢？这个不得而知。如果骨架相同或者相似可以选取原子来叠合啊。如果没有相同（相似）的骨架而有 ...

有共同骨架，分子很相似，做CoMFA，将几个活性最高的化合物叠合到一起之后怎样用它作为模板，来进行下一步的训练集叠合，非常感谢Sybyl初学很多基本操作不会
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3楼2012-05-03 09:55:04
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ky96998

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhenguo86 at 2012-05-03 09:55:04:
有共同骨架，分子很相似，做CoMFA，将几个活性最高的化合物叠合到一起之后怎样用它作为模板，来进行下一步的训练集叠合，非常感谢Sybyl初学很多基本操作不会

一般就选择活性最高那个分子做模板，选取模版分子共同骨架上面的某些原子进行叠合就行了。
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4楼2012-05-09 22:02:02
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zlp-lw

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ky96998 at 2012-05-09 22:02:02
一般就选择活性最高那个分子做模板，选取模版分子共同骨架上面的某些原子进行叠合就行了。...

您好，请教一下，模板分子的共同骨架在选择的时候有没有什么要求？是随便选择的吗？
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5楼2013-04-13 15:21:11
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zhenguo86

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zlp-lw at 2013-04-13 15:21:11
您好，请教一下，模板分子的共同骨架在选择的时候有没有什么要求？是随便选择的吗？...

这个我也不太懂，不过肯定不是随机选的，好像最好是选药效团，不能确定的话可以选这类化合物的母体结构
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6楼2013-04-14 23:49:30
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木鸟2012

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-03 16:21:40
你找到活性最好的那个化合物，以它为模板，再找到他们的公共结构，选中公共结构中的除氢原子外的所有原子，以此叠合就可以了。
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努力做科研
7楼2013-06-26 16:35:48
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