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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于5‘RACE
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liumangtu403

铁虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by XOooZzz at 2012-04-26 21:53:59:
没有扩出想要的基因。挑了两条带测序，发现在别的基因中间有连续g的地方加上了接头。
不知道怎么判断是不是全长呢...不过如果要的是mRNA，但找不到起始密码子就肯定不是全长。

我觉得会不会是剪切变体呢？  
另外我要的片段是ncRNA, 没法子预测......
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11楼2012-04-27 13:49:56
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liumangtu403

铁虫 (小有名气)
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10楼: Originally posted by vickie20 at 2012-04-27 09:27:21:
5'端的两个引物都是下游引物吧？在设计的时候上游引物以及产物大小这些参数是不是就不用管了？如何知道这两个下游引物跟接头引物的匹配分数呢？

5‘RACE 不是只要一个特异性引物吗？设计一个下游引物就可以了（可以多设计几个备用）；你如果要看接头引物跟你设计引物的匹配情况，个人认为只要用DNAMAN 、oligo之类的软件分析一下就行了。
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12楼2012-04-27 14:00:13
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脱水拂空

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liumangtu403: 金币+1, ★有帮助 2012-04-27 17:59:46
小丹木木: 金币+1, 鼓励应助 2012-04-28 08:31:22
你可以将得到的序列 再重新设计全长引物重新扩一下 然后再重新分析ORF部分就知道是不是全长啦
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13楼2012-04-27 14:39:49
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liumangtu403

铁虫 (小有名气)
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13楼: Originally posted by 脱水拂空 at 2012-04-27 14:39:49:
你可以将得到的序列 再重新设计全长引物重新扩一下 然后再重新分析ORF部分就知道是不是全长啦

用全长引物扩不是只能证明片段有这么长，但不能证明片段不只是这么长....不知道我理解的有没有误

另外我的片段是non-coding RNA,原则上应该没有ORF或只有短的ORF......
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14楼2012-04-27 17:57:53
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分子菜鸟

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liumangtu403: 金币+1, ★有帮助 2012-05-04 16:49:19
楼主用的什么酶？我实验室有同学曾经用比较差的taq酶做RACE结果就不太好，后来换了好一点的酶就发现差酶扩出的片段中间比好酶少了一大段。还有一种可能也是我见到过的，这个mRNA被选择性的剪切了，它可能有两种以上加工方式，产生不止一种成熟的mRNA。
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15楼2012-04-28 09:47:04
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liumangtu403

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 分子菜鸟 at 2012-04-28 09:47:04:
楼主用的什么酶？我实验室有同学曾经用比较差的taq酶做RACE结果就不太好，后来换了好一点的酶就发现差酶扩出的片段中间比好酶少了一大段。还有一种可能也是我见到过的，这个mRNA被选择性的剪切了，它可能有两种以 ...

我用的是TITANIUM™ Taq DNA  Polymerase, 是比较好的酶，应该没有没有问题吧.....现在觉得RACE就算辛苦做出来也不知道是不是真的。。。很无语。。。
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16楼2012-05-04 16:49:06
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莲之殇

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我遇到和你一样的问题  目前在设计上游引物  继续向前端扩
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向来缘浅，奈何情深；已然情深，何惧缘浅
17楼2016-01-18 16:37:51
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