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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白质-蛋白质对接
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yuguangyun

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质-蛋白质对接

各位大侠好，小弟现在做蛋白和受体对接。受体是toll5受体，蛋白质是一植物凝集素。我在对接前先要找出toll5受体的结合位点，请问如何寻找，用ds里面的define binding site 可靠吗，你们是如何做蛋白蛋白对接的。说说操作过程吧》急需啊…………
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学好专业知识
1楼 2012-04-25 14:00:24
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, AD是不能拿来做蛋白-蛋白对接的~ 2012-06-19 20:36:21
Molsoft的icmPro做分子对接很好，不过要付费。
AutoDocking 应该也可以。
不知能否满足楼主需要，你可以去官网看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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12楼2012-06-19 20:06:13
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
自己顶一下
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学好专业知识
2楼2012-04-25 19:15:32
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-26 10:03:50
蛋白蛋白对接应该用zdock，建议你从网上直接找相关的教程照着做
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3楼2012-04-26 08:07:55
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
谢谢，我是按照ds教程做的。但是教程的作法里面，对节前没有涉及到活性位点的事情，而且我拿对接后的其中一个ＰＯＳＥ跑了动力学，跑到第一步就出错了……不知道什么原因
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学好专业知识
4楼2012-04-26 13:37:40
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