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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » siRNA Scramble 的设计
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woshiai

银虫 (小有名气)

[求助] siRNA Scramble 的设计

最近想做KNOCKDOWN，siRNA已经从英俊的网站设计出来了，但Scramble不会设计，原则上说是相应siRNA打乱之后设计并BLAST，不知这个打乱是人为的随意打乱吗，有没有专门的软件随即打乱？请专家解惑，谢谢！
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1楼2012-04-24 17:03:27
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shenjijia

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-24 20:12:10
woshiai: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-25 18:45:29
就是用你相应siRNA随意打乱之后编排Scramble的序列并BLAST，BLAST的目的是不能和其他基因有同源性。祝成功！
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2楼2012-04-24 17:45:59
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woshiai

银虫 (小有名气)
这个我明白，但blast具体网址能否给个链接，NCBI旗下有好多blast,不知用哪个，^_^，才疏学浅，不要见笑^_^
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3楼2012-04-25 18:45:11
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woshiai

银虫 (小有名气)
另外，刚通过网上，知道这个网页可以设计siRNA, http://www.genscript.com/siRNA_service.html， 但不知道如何利用，就是好多参数不知什么意思，哪位高手给讲解一下，具体页面截图如下
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4楼2012-04-25 18:55:46
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woshiai

银虫 (小有名气)
我要设计的是shRNA
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5楼2012-04-25 18:57:32
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woshiai

银虫 (小有名气)
如下图
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6楼2012-04-25 19:03:41
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woshiai

银虫 (小有名气)
没有人吗？请帮帮忙吧，课题必须要做的东西。先谢谢啦
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7楼2012-05-08 09:04:43
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779233023

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by woshiai at 2012-05-08 09:04:43
没有人吗？请帮帮忙吧，课题必须要做的东西。先谢谢啦

不知道楼主的问题后来怎么解决的，想问一下。我现在是从文献中搜到自己要干扰基因的siRNA但是不知道它的效果如何，去NCBI上Blast，但是不知道该看哪个参数，E值，scores这些么，还是别的，望前辈能指点一番，多谢了。。
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8楼2016-03-31 14:24:03
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