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woshiai

银虫 (小有名气)

[求助] siRNA Scramble 的设计

最近想做KNOCKDOWN,siRNA已经从英俊的网站设计出来了,但Scramble不会设计,原则上说是相应siRNA打乱之后设计并BLAST,不知这个打乱是人为的随意打乱吗,有没有专门的软件随即打乱?请专家解惑,谢谢!
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shenjijia

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-04-24 20:12:10
woshiai: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-25 18:45:29
就是用你相应siRNA随意打乱之后编排Scramble的序列并BLAST,BLAST的目的是不能和其他基因有同源性。祝成功!
2楼2012-04-24 17:45:59
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woshiai

银虫 (小有名气)

这个我明白,但blast具体网址能否给个链接,NCBI旗下有好多blast,不知用哪个,^_^,才疏学浅,不要见笑^_^
3楼2012-04-25 18:45:11
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woshiai

银虫 (小有名气)

另外,刚通过网上,知道这个网页可以设计siRNA, http://www.genscript.com/siRNA_service.html, 但不知道如何利用,就是好多参数不知什么意思,哪位高手给讲解一下,具体页面截图如下
4楼2012-04-25 18:55:46
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woshiai

银虫 (小有名气)

我要设计的是shRNA
5楼2012-04-25 18:57:32
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woshiai

银虫 (小有名气)

6楼2012-04-25 19:03:41
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woshiai

银虫 (小有名气)

没有人吗?请帮帮忙吧,课题必须要做的东西。先谢谢啦
7楼2012-05-08 09:04:43
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779233023

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by woshiai at 2012-05-08 09:04:43
没有人吗?请帮帮忙吧,课题必须要做的东西。先谢谢啦

不知道楼主的问题后来怎么解决的,想问一下。我现在是从文献中搜到自己要干扰基因的siRNA但是不知道它的效果如何,去NCBI上Blast,但是不知道该看哪个参数,E值,scores这些么,还是别的,望前辈能指点一番,多谢了。。
8楼2016-03-31 14:24:03
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