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2011加油

银虫 (正式写手)

[交流] 想设计siRNA片段，寻求帮助，懂这方面设计的朋友，请进，谢谢！

想针对细胞中一种酶的mRNA来设计特异性较强的siRNA片段，阻断它的翻译

过程，考察药物发挥作用是否与该酶直接相关。我用过一些在线的软件来寻找，发

现它们提供的siRNA片段与人体其他基因的同源性还是很高，没能找到较好的片段。

现在希望懂得这方面的朋友不吝赐教，提供一些较好的软件或者在线设计的网址。
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西瓜

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1楼 2011-11-08 16:36:49
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cdl007

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+3): 谢谢你的热情帮助 2011-11-13 20:25:26
2011加油: 回帖置顶 表扬一下 2011-11-13 20:35:06
http://sidirect2.rnai.jp/
这个网址试过了吗，我用还不错

基本规则分享一下
1.sense链’5’与3’端的3个碱基中A/U含量不对称。
2.sense链的第1个碱基为G/C
3.sense链的第6个碱基为A
4.sense链的第19个碱基为A/U
5.sense链的第1个碱基不是U
6.sense链的第19个碱基不是G
另外，GC含量在31.6%-57.9%
文中指出，明显有效的siRNA序列需要满足3’端的3个碱基中A/U数量比5’端的3个碱基中A/U数量至少多1个，而且至少满足第2，3，4点中的两点。

[ Last edited by cdl007 on 2011-11-13 at 15:48 ]
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16楼2011-11-13 15:45:35
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
送鲜花一朵
2011加油(金币+1): 谢谢支持 2011-11-09 13:41:00
很认真啊，呵呵~
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3楼2011-11-08 22:14:16
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zhhuijun

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+1): 谢谢顶贴 2011-11-11 14:20:01
我也想设计一下RNAI呢.不知何下手呀
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7楼2011-11-10 07:31:52
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+1): 谢谢顶贴 2011-11-11 14:21:52
没辙了？只能顶！顶谁？
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8楼2011-11-10 08:36:29
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2011加油

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhhuijun at 2011-11-10 07:31:52:
我也想设计一下RNAI呢.不知何下手呀

你知道对RNA下手时，记得告诉我怎样设计啊，
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9楼2011-11-11 14:21:17
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2011加油

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 2011加油 at 2011-11-09 22:19:21:

谢谢版主的好建议，确实是研究新药，我觉得设计siRNA的设计发在分子生物学版块，可能较好一些，希望遇到熟悉这方面的战友来回答。
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12楼2011-11-11 21:50:36
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wanhscn

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我是做植物的!顺便帮你顶下帖!
你能否把与你那个酶序列同源性较高的酶相关家族的基因RNA序列全部调出来, 然后用align比对, 根据差异align的结果, 在差异大的地方手工设计几个siRNA.
我的纯粹帮顶~
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13楼2011-11-11 22:04:05
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2011加油

银虫 (正式写手)
谢谢热心的好版主。我是重新发帖呢，还是有比较直接的办法，就能把该贴转至新药研发？
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14楼2011-11-12 11:47:12
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haozilai99

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+1): 好的，谢谢，期盼好消息，再联系啊 2011-11-13 08:49:46
我们组有这样的同学做这个。我和i来问问吧
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15楼2011-11-12 21:01:19
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mamadexiao

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+1): 谢谢帮助啊 2011-11-13 20:24:58
你可以搜搜你要敲低目的基因的文章，有的文献里就有呢
再不行就送给公司。。。
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17楼2011-11-13 20:16:06
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简单回复
2011加油2楼
2011-11-08 21:59   回复  
wasxnbe4楼
2011-11-08 22:27   回复  
2011加油(金币+1): 呵呵，应该说话发表言论的，只发图片，难道是此时无声胜有声。谢谢顶贴 2011-11-09 13:42:31
2011加油5楼
2011-11-09 13:45   回复  
2011加油6楼
2011-11-09 22:19   回复  
83996778110楼
2011-11-11 16:31   回复  
2011加油(金币+1): 谢谢 2011-11-13 08:48:34
2011加油11楼
2011-11-11 19:07   回复  
跳跳鱼18楼
2012-07-15 13:51   回复  
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