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2011加油

银虫 (正式写手)

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[交流] 想设计siRNA片段，寻求帮助，懂这方面设计的朋友，请进，谢谢！

想针对细胞中一种酶的mRNA来设计特异性较强的siRNA片段，阻断它的翻译

过程，考察药物发挥作用是否与该酶直接相关。我用过一些在线的软件来寻找，发

现它们提供的siRNA片段与人体其他基因的同源性还是很高，没能找到较好的片段。

现在希望懂得这方面的朋友不吝赐教，提供一些较好的软件或者在线设计的网址。

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西瓜

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熟悉siRNA设计的虫友们欢迎前来指导，懂相关软件的请不吝赐教，多谢了已经有5人回复

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1楼 2011-11-08 16:36:49

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cdl007

木虫 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
2011加油(金币+3): 谢谢你的热情帮助 2011-11-13 20:25:26
2011加油: 回帖置顶表扬一下 2011-11-13 20:35:06

http://sidirect2.rnai.jp/
这个网址试过了吗，我用还不错

基本规则分享一下
1.sense链’5’与3’端的3个碱基中A/U含量不对称。
2.sense链的第1个碱基为G/C
3.sense链的第6个碱基为A
4.sense链的第19个碱基为A/U
5.sense链的第1个碱基不是U
6.sense链的第19个碱基不是G
另外，GC含量在31.6%-57.9%
文中指出，明显有效的siRNA序列需要满足3’端的3个碱基中A/U数量比5’端的3个碱基中A/U数量至少多1个，而且至少满足第2，3，4点中的两点。

[ Last edited by cdl007 on 2011-11-13 at 15:48 ]