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刘雪鹏木虫 (小有名气)
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[求助]
在MS中如何将金晶体切割成近似球形体
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| 小弟做毕业设计，最近刚接触MS，想做两个金纳米粒子的自组装模拟，我是先从MS软件库中调出金晶体的面心立方体结构，然后想将它切割成近似球形结构（参考一篇文献讲的），但不知道怎么操作，望大家能够帮助 |
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 高分子学习--qlh | MS 吸附模拟 | MS 画图 |
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刘雪鹏: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-25 18:52:17
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刘雪鹏: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-25 18:52:17
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MS 中我的不会，告诉你个曲线救国的办法——在VMD 中建立金颗粒的球形结构： 1、  打开VMD ，选择建模 2、  在task里面选择 build device，材料就选择金 根据你想要建立的金颗粒的大小，在box dimension 中选择盒子的长度，点击 add exclusion 3、  选择 VMD selection block name 不用管 include only “sqrt(x*x+y*y+z*z)<100” 这个是选择球状的表达式 100埃米是球半径，这个换成你需要的就行了。 别忘了点击add 最后点击图二中的 Build device OK, 球状金颗粒闪亮登场！  注意，我给你示意的这个数比较大，建模的时候很耗时间，你自己试试的时候，别选这么大。 VMD 输出的PDB文件可以导入到MS中，继续你熟悉的操作！ [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-4-25 at 14:03 ] |
4楼2012-04-25 13:48:15
刘雪鹏
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2楼2012-04-25 10:00:04
刘雪鹏
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3楼2012-04-25 10:00:22
5楼2012-04-25 14:15:41
刘雪鹏
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灰常感谢，感觉你这种方法挺好的。参照你的方法我也建了一个直径为10nm的nanocluster，但是后续的建模我又遇到了不少问题，比如如何在金原子上镶嵌聚合物（C10H22）,我实在不知道怎么弄，干脆直接就在各个表面金原子上画聚合物（C10H22），不知是否能行，但是看help文件好像可以用adsorption 模块吸附上去，但是看它的例子我也没弄好。第二就是我想弄两个相同的这样的nanocluster在tolune溶液中，然后进行自组装模拟，我就直接复制粘贴一个，但是粘贴后的不知道可行，因为它们在一起靠的很近，几乎是在一起的（图我附不上来）。第三是如何设置这个toulune溶液环境啊？我想用DPD模块计算，看help文件中讲要建立beads。还有，就算是所有上述都弄好了，是否要建立一个立方体包围这个模型呢，还是直接裸露就模拟。原先学力学的，刚进入这个领域，很多基础知识都不懂，希望能得到你的帮助，小弟不甚感激，有重赏。 |
6楼2012-04-25 18:50:19
刘雪鹏
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bingyuanti
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