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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在MS中如何将金晶体切割成近似球形体
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刘雪鹏

木虫 (小有名气)

[求助] 在MS中如何将金晶体切割成近似球形体

小弟做毕业设计，最近刚接触MS，想做两个金纳米粒子的自组装模拟，我是先从MS软件库中调出金晶体的面心立方体结构，然后想将它切割成近似球形结构（参考一篇文献讲的），但不知道怎么操作，望大家能够帮助
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1楼2012-04-24 09:46:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 应该能解决LZ的问题了~哈哈 2012-04-25 15:35:41
刘雪鹏: 金币+5 2012-04-25 18:23:01
MS中更简单
从库中调入金颗粒的晶体之后，点击build nanocluster
选择形状和半径，就OK

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5楼2012-04-25 14:15:41
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刘雪鹏

木虫 (小有名气)
自己顶起！！！！！！！！！！
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2楼2012-04-25 10:00:04
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刘雪鹏

木虫 (小有名气)
希望能得到大家的帮助
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3楼2012-04-25 10:00:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+10, 模拟EPI+1, 鼓励如此详细的应助！呵呵 2012-04-25 15:35:25
刘雪鹏: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-25 18:52:17
MS 中我的不会，告诉你个曲线救国的办法——在VMD 中建立金颗粒的球形结构：
1、
打开VMD ，选择建模
2、
在task里面选择 build device，材料就选择金
根据你想要建立的金颗粒的大小，在box dimension 中选择盒子的长度，点击 add exclusion
3、
选择
VMD selection
block name 不用管
include only

“sqrt(x*x+y*y+z*z)<100” 这个是选择球状的表达式 100埃米是球半径，这个换成你需要的就行了。
别忘了点击add

最后点击图二中的 Build device
OK, 球状金颗粒闪亮登场！



注意，我给你示意的这个数比较大，建模的时候很耗时间，你自己试试的时候，别选这么大。
VMD 输出的PDB文件可以导入到MS中，继续你熟悉的操作！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-4-25 at 14:03 ]
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4楼2012-04-25 13:48:15
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