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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 预测三级结构
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

[交流] 预测三级结构

通过一个基因，通过生物信息学方法，推导得到一段氨基酸序列，想看看其3D结构，但是SWISS-MODEL 弄不出结果，
- Start BLAST for highly similar template structure identification
- No suitable templates found!
- Run HHSearch to detect remotely related template structures
- Unfortunately, we could not identify useful template structures
用来其他预测三维结构的软件，也预测不出，想问下各位，该怎么办？
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1楼 2012-04-21 18:46:33
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ynkuaile

木虫 (小有名气)
★
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这一段氨基酸序列在生物体中确实存在吗？有同源蛋白存在吗？
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2楼2012-04-22 21:22:50
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sunwei57

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有同原蛋白的结构作为参考,软件是预测不出高级结构的
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3楼2012-04-22 22:03:04
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ynkuaile at 2012-04-22 21:22:50:
这一段氨基酸序列在生物体中确实存在吗？有同源蛋白存在吗？

没有同源蛋白结构
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4楼2012-04-23 12:29:59
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rhguo

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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zhaohq1209: 金币+2, 鼓励交流。学习了~ 2012-04-23 23:09:45
如果这是个天然蛋白的话，在swiiss modle找不到同源蛋白说明类似蛋白还没有被解析结构；另外你可以尝试找与它同一个蛋白家庭的其它蛋白来尝试，确认这个蛋白家庭的结构是否被解析；
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xiazhiwuxie
5楼2012-04-23 14:37:27
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by rhguo at 2012-04-23 14:37:27:
如果这是个天然蛋白的话，在swiiss modle找不到同源蛋白说明类似蛋白还没有被解析结构；另外你可以尝试找与它同一个蛋白家庭的其它蛋白来尝试，确认这个蛋白家庭的结构是否被解析；

具体是怎么做啊?能不能说的具体点呢，本来用HHpred预测了一次，但是看不懂结果。
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6楼2012-04-23 21:16:09
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一步一步

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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xiazhiwuxie: 金币+2 2012-04-26 08:46:57
我觉得你可以在数据库中先寻找下同源蛋白，然后再预测结果，
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7楼2012-04-24 08:36:43
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