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ytulz111

新虫 (小有名气)

[求助] 表达载体构建碰到诡异问题,请各路大神不吝赐教,拜谢。

事情是这样,我要构建一个表达载体,目的片段大约2000bp,后面要加GFP作为marker。筛出阳性克隆来之后,提质粒测序验证。这时诡异问题出现了,因为我这个基因比较大,需要用多个测序引物,比如A,B两个引物。A为正向,B为反向,两者有overlapping。从A的结果看,有一段是我的目的基因,而接下来的却是载体的序列(比如A的测序结果是500bp,前200bp是我的目的基因的序列,201-500却是载体的序列)。但是从B的结果看这500bp却都是我的目的基因的序列。不知道这是什么原因啊。

PS.测序结果都很好,没有杂峰和套峰。
如果问题解决,本人愿赠送100金币作为酬谢。谢谢各位了。
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ynkuaile

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励帮助解答,欢迎继续交流。 2012-04-21 20:35:05
传一下断裂处的峰图看看。要不你再测一次,看看结果。让测序公司给测序结果的时候顺便拼接下,然后再自己仔细看看。
2楼2012-04-21 20:00:46
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

你的a和b不是载体上的通用引物么?
3楼2012-04-21 21:56:13
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ytulz111

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ynkuaile at 2012-04-21 20:00:46:
传一下断裂处的峰图看看。要不你再测一次,看看结果。让测序公司给测序结果的时候顺便拼接下,然后再自己仔细看看。

附近是断裂处的峰图。我们自己实验室测序的,不送公司。


4楼2012-04-22 12:08:45
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ytulz111

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by XOooZzz at 2012-04-21 21:56:13:
你的a和b不是载体上的通用引物么?

不是,是自己设计的特异引物。
5楼2012-04-22 12:09:25
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sunwei57

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基因在连接的过程中断裂了,大片段连接会遇到这种情况的,重新做吧
6楼2012-04-22 21:57:38
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AnaSequence

金虫 (小有名气)

我也碰到过目的片段中间部分有丢失.
7楼2012-04-24 08:42:24
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