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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

[求助] 大片段连接问题

实验室得到一个片段为2300bp左右的DNA序列,但是连接了半个月都没有连上,连接体系是:19T 0.5ul
            目的条带 5ul
           solution I  5ul
       过夜4度,16度连接3h
   也做过16度连接两夜
    做过4度
  期间确定目的条带回收正确,连接体系也用了最新的,感受态是买的,在这个条带的靠近3‘端约200bp是已知的,根据这个片段设计引物,扩增约为140bp。
  得到的结果:1.不长菌
              2.长菌,但是扩增无条带
              3.长菌,扩增出140bp,但是测序后,结果告知插入片段只有200bp,且这200bp片段就是已知部分,抽了质粒后得知条带大约就是比2000bp的大点。

我快疯了,折腾了半个月,序列还没得到,求高人指导!
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太极拳

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-04-17 13:43:14
xiazhiwuxie: 金币+1, 有帮助, 我送出去了,试试看 2012-04-22 10:56:43
曾经用过全式金的T载体,连接效果非常好!25℃,你的片段连接20min即可,载体是双抗性,不用蓝白斑筛选。转化涂板amp或者kan,挑单斑到kan或者amp的LB中,能摇起来的都是阳性。
15楼2012-04-16 14:29:03
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dingfang0707

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+2, 有帮助, 已经调整了,但是2000多的,目的条带都和载体差不多大了 2012-04-15 10:13:54
把连接所加的试剂跟DNA的比例调整一下就行了
开心过好每一天
2楼2012-04-14 20:20:10
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+5, 有帮助, 我昨天想用T4连接酶连着,但是实验室没人做过,今天试试 2012-04-15 10:12:57
小丹木木: 金币+3, 恩,可以试下 2012-04-16 13:54:47
本帖内容被屏蔽

3楼2012-04-15 09:46:42
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to-be

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiazhiwuxie: 金币+2, 有帮助, PCR回收后条带清晰 2012-04-16 12:12:16
小丹木木: 金币+3, 鼓励正解解答问题 2012-04-16 13:55:10
1.连接体系为10uL,目的DNA片段应为4.5uL,一般试剂盒都可用,连接温度是不关键因素,时间过夜即可。
2.一定要保证PCR要达到一定浓度和纯度才可以,这一点至关重要。
3.另外,楼主说的300bp引物是菌液PCR检测引物吗?最好用一个载体引物,一个片段上的引物,假阳性会降低,而且最好把全长扩出来。
4.若果菌液PCR扩出来了就不用提质粒了酶切了,可以直接测序。
生活是面镜子~
4楼2012-04-15 12:16:44
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