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hc1027

木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】请教cDNA-AFLP 实验的相关问题,请大家帮忙看看,谢谢

打算做cDNA-AFLP 差异表达,想请教几个问题:
1、选择性扩增的时候用33P标记的引物是为何呢? 这个标记的引物贵吗,价格如何?
2、内切酶一般买什么公司的比较好呢?我做真菌的,不知道用哪种内切酶比较好?
3、因为是第一次做,身边没人做过,请问如何判断每步的效果呢?以及每步的注意事项有什么?
①cDNA的准备
②酶切
③连接
④预扩增
⑤选择性扩增
⑥电泳及切胶。

希望有经验的人帮忙指点,不甚感激。

[ Last edited by hc1027 on 2012-4-14 at 15:47 ]
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hc1027

木虫 (正式写手)

西瓜: 回帖置顶 2012-05-09 18:50:58
引用回帖:
10楼: Originally posted by xiaoxiong520 at 2012-05-08 10:14:06:
内切酶NEB的比Fermentas的好些,我们用的是Fermentas的;
每步的检测:
①cDNA的准备 :RNA的质量很重要,是关键,合成第一链cDNA,之后合成第二链cDNA;检测反转录结果的话:取合成的第二链cDNA产物做PCR扩增内 ...

我也是用的fermentas的,我是做真菌的。
买的EcoRI 和 MseI (不是快酶),37度3h,65度3h
感觉酶切还是不够彻底。
请问你是怎么切的。

连接酶也是fermentas的,说明上好像是22度只要10min,我连接了1h,不知道够了没?

1%琼脂糖,预扩什么都没有,没条带没弥散。
预扩产物我没梯度稀释,直接稀释50倍做选扩,选扩2%琼脂糖电泳倒是出来很多条带,部分由弥散。
不清楚为什么预扩什么都没有,选扩是这样的效果?
11楼2012-05-08 12:46:25
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hc1027

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by foxmygod at 2012-04-22 02:28:04:
建议用NEB的酶

fermentas的可以不

neb的很贵吧
5楼2012-04-22 09:16:43
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foxmygod

银虫 (小有名气)


引用回帖:
5楼: Originally posted by hc1027 at 2012-04-22 09:16:43:
fermentas的可以不

neb的很贵吧

你的用量很大么?
6楼2012-04-24 22:00:10
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hc1027

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by foxmygod at 2012-04-24 22:00:10:
你的用量很大么?

应该不会太大吧  样品不是很多。
满足cdna-aflp需要即可
7楼2012-04-24 22:39:27
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